Вычислите попарные патристические расстояния в объекте phytree
D = pdist(Tree)
[D, C]
= pdist(Tree)
pdist(..., 'Nodes', NodesValue,
...)
pdist(..., 'Squareform', SquareformValue,
...)
pdist(..., 'Criteria', CriteriaValue,
...)
Tree | объект phytree, созданный |
NodesValue | Вектор символов или строка, указывающая узлы, включенные в расчет. Варианты 'leaves' (по умолчанию) или 'all'. |
SquareformValue | Управляет созданием квадратной матрицы. Варианты true или false (по умолчанию). |
CriteriaValue | Вектор символов или строка, задающая критерии, используемые для связи пар. Варианты 'distance' (по умолчанию) или 'levels'. |
D = pdist(Tree)Dвектор, содержащий патристические расстояния между каждой возможной парой листовых узлов Tree, объект филогенетического дерева. Патристические расстояния вычисляются путем следования путей через ветви дерева и добавления патристических расстояний ветви, первоначально созданных с seqlinkage функция.
Вектор выхода D размещается в порядке ((2,1), (3,1), ..., (M,1), (3,2), ..., (M,2), ..., (M,M-1)) (нижний-левый треугольник полного M-by- M матрица расстояний). Чтобы получить расстояние между Iи Jth-й узлы (I > J), используйте формулу D((J-1)*(M-J/2)+I-J). M - количество листьев.
[ возвращается в D, C]
= pdist(Tree)C, индекс ближайших общих родительских узлов для каждой возможной пары узлов запроса.
pdist (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)pdist с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
pdist(..., 'Nodes', задает узлы, включенные в расчет. Варианты NodesValue,
...)'leaves' (по умолчанию) или 'all'. Когда NodesValue является 'leaves', выход упорядочивается как и прежде, но M - общее число узлов в дереве (NumLeaves+NumBranches).
pdist(..., 'Squareform', управляет созданием квадратной матрицы. Варианты SquareformValue,
...)true или false (по умолчанию). Когда SquareformValue является true, pdist преобразует выход в квадратную матрицу, так что D(I,J) обозначает расстояние между Iи Jth узлы. Выходная матрица симметрична и имеет нулевую диагональ.
pdist(..., 'Criteria', изменяет критерии, используемые для связи пар. CriteriaValue,
...)CriteriaValue можно 'distance' (по умолчанию) или 'levels'.
Считайте файл филогенетического дерева в объект phytree.
tr = phytreeread('pf00002.tree')Вычислите древовидные расстояния между парами листьев.
dist = pdist(tr,'nodes','leaves','squareform',true)