phytreewrite
Запись объекта филогенетического дерева в форматированный Newick файл
Синтаксис
phytreewrite(File, Tree)
phytreewrite(Tree)
phytreewrite(..., 'Distances', DistancesValue,
...)
phytreewrite(..., 'BranchNames', BranchNamesValue,
...)
Аргументы
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла в формате Newick (текстовый файл ASCII), путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. |
Tree | Объект филогенетического дерева, созданный с phytree (функция конструктора объектов) или импортирована с помощью phytreeread функция. |
Описание
phytreewrite( копирует содержимое File, Tree)phytree объект из MATLAB® рабочей области в файл. Данные в файле используют формат Ньюика для описания деревьев.
phytreewrite( открывает диалоговое окно Сохранить филогенетическое дерево как (Save Phylogenetic Tree As) для ввода или выбора имени файла.Tree)
фитрейврит (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)phytreewrite с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключайте каждую PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
phytreewrite(..., 'Distances', определяет, следует ли исключить значения расстояний из выходов. DistancesValue,
...)DistancesValue можно true (по умолчанию) или false.
phytreewrite(..., 'BranchNames', определяет, следует ли исключить имена ветвей из выхода. BranchNamesValue,
...)BranchNamesValue можно true (по умолчанию) или false.
Примеры
Считайте древовидные данные из файла в формате Newick.
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)Удалите все белки мыши и просмотрите обрезанное дерево.
ind = getbyname(tr,'mouse'); tr = prune(tr,ind); view(tr)
Запись обрезанных древовидных данных в файл.
phytreewrite('newtree.tree',tr)