Подсчет нуклеотидов в последовательности
NTStruct = basecount(SeqNT)
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Gaps', GapsValue, ...)
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Chart', ChartValue, ...)
SeqNT | Одно из следующих:
|
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, определяющая, как лечить неоднозначные нуклеотидные символы (
|
GapsValue | Определяет, будут ли погрешности, обозначенные дефисом ( |
ChartValue | Вектор символов или строка, задающая тип графика. Варианты |
NTStruct | Структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля A, C, G, и T. |
NTStruct = basecount(SeqNT)SeqNT, нуклеотидную последовательность и возвращает счетчики в NTStruct, структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля A, C, G, и T.
Область символа U добавляется к T поле.
Неоднозначные нуклеотидные символы (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, или N) и погрешности, обозначенные дефисом (-), по умолчанию игнорируются.
Непризнанные символы игнорируются и вызывают следующее предупреждающее сообщение.
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
NTStruct = basecount (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...)basecount с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, или N). Варианты:
'ignore' (по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'individual'
'warn'
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Gaps', GapsValue, ...)-), считаются или игнорируются. Варианты true или false (по умолчанию).
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Chart', ChartValue, ...)ChartValue можно 'pie' или 'bar'.
aacount | baselookup | codoncount | cpgisland | dimercount | nmercount | ntdensity | seqviewer