codoncount
Количество кодонов в нуклеотидной последовательности
Синтаксис
Codons = codoncount(SeqNT)
[Codons, CodonArray] =
codoncount(SeqNT)
... = codoncount(SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'Figure', FigureValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
Входные параметры
SeqNT | Одно из следующих:
Примеры: |
FrameValue | Целое число, задающее систему координат считывания в нуклеотидной последовательности. Варианты |
ReverseValue | Управляет возвратом количества кодонов для обратной последовательности комплемента нуклеотидной последовательности, заданной |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, определяющая, как лечить кодоны, содержащие неоднозначные нуклеотидные символы (
|
FigureValue | Управляет отображением тепловой карты счетчиков кодонов. Варианты |
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию это Совет Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени. |
Выходные аргументы
Codons | Структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA, AAC, AAG..., TTG, TTT), которые содержат счетчики кодонов в SeqNT. |
CodonArray | Массив 4 на 4 на 4, содержащий сырые данные количества для каждого кодона. Три размерности соответствуют трем позициям в кодоне, и индексы к каждому элементу представлены 1 = A, 2 = C, 3 = G, и 4 = T. Для примера элемент (2,3,4) в массиве содержится количество CGT кодоны. |
Описание
Codons = codoncount(SeqNT)SeqNT, нуклеотидную последовательность, и возвращает количество кодонов в Codons, структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA, AAC, AAG..., TTG, TTT).
Для последовательностей, которые имеют кодоны, содержащие символ
Uэти кодоны добавляются к соответствующим кодонам, содержащимT.Если последовательность содержит погрешности, обозначенные дефисом (
-), тогда кодоны, содержащие погрешности, игнорируются.Если последовательность содержит неопознанные символы, кодоны, содержащие эти символы, игнорируются, и появляется следующее предупреждающее сообщение:
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
[ возвращает Codons, CodonArray] =
codoncount(SeqNT)CodonArray, массив 4 на 4 на 4, содержащий сырые данные количества для каждого кодона. Три размерности соответствуют трем позициям в кодоне, и индексы к каждому элементу представлены 1 = A, 2 = C, 3 = G, и 4 = T. Для примера элемент (2,3,4) в массиве содержится количество CGT кодоны.
... = codoncount вызывает (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...)codoncount с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = codoncount( подсчитывает кодоны в системе координат считывания, заданном как SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)FrameValue, который можно 1 (по умолчанию), 2, или 3.
... = codoncount( управляет возвратом количества кодонов для обратной последовательности дополнения SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)SeqNT. Варианты true или false (по умолчанию).
... = codoncount( задает, как лечить кодоны, содержащие неоднозначные нуклеотидные символы. Варианты:SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
'ignore'(по умолчанию)'bundle''prorate''warn'
... = codoncount( управляет отображением тепловой карты счетчиков кодонов. Варианты SeqNT,
...'Figure', FigureValue, ...)true или false (по умолчанию).
... = codoncount( управляет наложением сетки на рисунок тепловой карты. Сетка группирует синонимические кодоны согласно SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)GeneticCodeValue.
Примеры
Отсчет кодонов в нуклеотидной последовательности
seq = randseq(1000); codons = codoncount(seq)
codons = struct with fields:
AAA: 11
AAC: 5
AAG: 8
AAT: 6
ACA: 6
ACC: 7
ACG: 4
ACT: 7
AGA: 6
AGC: 9
AGG: 5
AGT: 2
ATA: 6
ATC: 4
ATG: 4
ATT: 6
CAA: 3
CAC: 5
CAG: 7
CAT: 10
CCA: 5
CCC: 4
CCG: 8
CCT: 5
CGA: 7
CGC: 6
CGG: 5
CGT: 5
CTA: 4
CTC: 7
CTG: 4
CTT: 5
GAA: 5
GAC: 6
GAG: 5
GAT: 4
GCA: 3
GCC: 2
GCG: 8
GCT: 5
GGA: 6
GGC: 7
GGG: 10
GGT: 4
GTA: 2
GTC: 6
GTG: 5
GTT: 2
TAA: 2
TAC: 4
TAG: 1
TAT: 4
TCA: 6
TCC: 2
TCG: 5
TCT: 5
TGA: 4
TGC: 1
TGG: 5
TGT: 8
TTA: 6
TTC: 1
TTG: 8
TTT: 5
Подсчитайте кодоны во второй системе координат для обратного дополнения последовательности.
r2codons = codoncount(seq,'Frame',2,'Reverse',true)
r2codons = struct with fields:
AAA: 5
AAC: 2
AAG: 5
AAT: 6
ACA: 8
ACC: 4
ACG: 5
ACT: 2
AGA: 5
AGC: 5
AGG: 5
AGT: 7
ATA: 4
ATC: 4
ATG: 10
ATT: 6
CAA: 8
CAC: 5
CAG: 4
CAT: 4
CCA: 5
CCC: 10
CCG: 5
CCT: 5
CGA: 5
CGC: 8
CGG: 8
CGT: 4
CTA: 1
CTC: 5
CTG: 7
CTT: 8
GAA: 1
GAC: 6
GAG: 7
GAT: 4
GCA: 1
GCC: 7
GCG: 6
GCT: 9
GGA: 2
GGC: 2
GGG: 4
GGT: 7
GTA: 4
GTC: 6
GTG: 5
GTT: 5
TAA: 6
TAC: 2
TAG: 4
TAT: 6
TCA: 4
TCC: 6
TCG: 7
TCT: 6
TGA: 6
TGC: 3
TGG: 5
TGT: 6
TTA: 2
TTC: 5
TTG: 3
TTT: 11
Создайте тепловую карту кодонов и наложите сетку, которая группирует синонимические кодоны согласно стандартному генетическому коду.
codoncount(seq,'Figure', true);AAA - 11 AAC - 5 AAG - 8 AAT - 6 ACA - 6 ACC - 7 ACG - 4 ACT - 7 AGA - 6 AGC - 9 AGG - 5 AGT - 2 ATA - 6 ATC - 4 ATG - 4 ATT - 6 CAA - 3 CAC - 5 CAG - 7 CAT - 10 CCA - 5 CCC - 4 CCG - 8 CCT - 5 CGA - 7 CGC - 6 CGG - 5 CGT - 5 CTA - 4 CTC - 7 CTG - 4 CTT - 5 GAA - 5 GAC - 6 GAG - 5 GAT - 4 GCA - 3 GCC - 2 GCG - 8 GCT - 5 GGA - 6 GGC - 7 GGG - 10 GGT - 4 GTA - 2 GTC - 6 GTG - 5 GTT - 2 TAA - 2 TAC - 4 TAG - 1 TAT - 4 TCA - 6 TCC - 2 TCG - 5 TCT - 5 TGA - 4 TGC - 1 TGG - 5 TGT - 8 TTA - 6 TTC - 1 TTG - 8 TTT - 5
См. также
aacount | basecount | baselookup | codonbias | dimercount | nmercount | ntdensity | seqcomplement | seqrcomplement | seqreverse | seqwordcount