reroot (phytree)
Изменение корня филогенетического дерева
Синтаксис
Tree2 = reroot(Tree1)
Tree2 = reroot(Tree1, Node)
Tree2 = reroot(Tree1, Node, Distance)
Аргументы
| Филогенетическое дерево ( |
| Индекс узла, возвращенный методом объекта phytree getbyname. |
| Расстояние от ссылки ветви. |
Описание
Tree2 = reroot(Tree1)Tree1) с использованием метода средней точки. Средняя точка является местом, где средние значения длин ветвей по обе стороны дерева выравниваются. Исходный корень удаляется из дерева.
Tree2 = reroot(Tree1, Node)Tree1) к узлу ветви с использованием индекса узла (Node). Новый корень помещается на половину расстояния между узлом ветви и его родительским элементом.
Tree2 = reroot(Tree1, Node, Distance)Tree1) к новому корню на заданном расстоянии (Distance) из ссылочного узла ветви (Node) к исходному корню дерева. Примечание: Новая ветвь, представляющая корень в новом дереве (Tree2) маркируется 'Root'.
Примеры
Создайте ультраметрическое дерево.
tr_1 = phytree([5 7;8 9;6 11; 1 2;3 4;10 12;... 14 16; 15 17;13 18]) plot(tr_1,'branchlabels',true)A рисунка с филогенетическими древовидными отображениями.
Поместите корень в
'Branch 7'.sel = getbyname(tr_1,'Branch 7'); tr_2 = reroot(tr_1,sel) plot(tr_2,'branchlabels',true)
Рисунок филогенетического дерева отображается с корнем, перемещенным в центр ветви 7.
Переместите корень в ветвь, которая делает дерево максимально ультраметричным.
tr_3 = reroot(tr_2) plot(tr_3,'branchlabels',true)
Рисунок нового дерева отображается с корнем, перемещенным из центра ветви 7 в ветвь 8.
