seqshoworfs

Отобразите открытые системы координат последовательно

Синтаксис

seqshoworfs(SeqNT) seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...)

Аргументы

`SeqNT`	Нуклеотидная последовательность. Введите вектор символов или строку с `A`, `T` (`U`), `G`, `C`, и неоднозначные символы `R`, `Y`, `K`, `M`, `S`, `W`, `B`, `D`, `H`, `V`, `N`, или вектор из целых чисел. Вы также можете ввести структуру с полем `Sequence`.
`FramesValue`	Свойство для выбора системы координат. Введите `1`, `2`, `3`, `-1`, `-2`, `-3`, введите вектор с целыми числами или `'all'`. Значение по умолчанию является вектором `[1 2 3]`. Системы координат `-1`, `-2`, и `-3` соответствуют первым , вторым и третьим системам координат считывания для обратного дополнения.
`GeneticCodeValue`	Генетический код имени. Введите кодовый номер или кодовое имя из таблицы Генетический код.
`MinimumLengthValue`	Свойство для установки минимального количества кодонов в ORF.
`AlternativeStartCodonsValue`	Свойство управлять с помощью альтернативных стартовых кодонов. Введите любой из `true` или `false`. Значение по умолчанию `false`.
`ColorValue`	Цвет для подсветки системы координат. Задайте одно из следующих значений: Трехэлементный числовой вектор значений RGB Вектор символов или строка, содержащая предопределенный однобуквенный цветовой код Вектор символов или строка, содержащая предопределенное название цвета Для примера, чтобы использовать голубой, введите `[0 1 1]`, `'c'`, или `'cyan'`. Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе «Опции цвета». Чтобы задать различные цвета для трех систем координат, используйте `1`-by- `3` массив ячеек с цветовыми значениями. Если вы отображаете системы координат считывания противоположного дополнения, используйте `1`-by- `6` массив ячеек с цветовыми значениями. Цветовая схема по умолчанию является синей для первой системы координат чтения, красной для второго и зеленой для третьего.
`ColumnsValue`	Свойство для задания количества столбцов в выходах.

Генетический код

Кодовый номер	Кодовое имя
`1`	`Standard`
`2`	`Vertebrate Mitochondrial`
`3`	`Yeast Mitochondrial`
`4`	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
`5`	`Invertebrate Mitochondrial`
`6`	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
`9`	`Echinoderm Mitochondrial`
`10`	`Euplotid Nuclear`
`11`	`Bacterial` и `Plant Plastid`
`12`	`Alternative Yeast Nuclear`
`13`	`Ascidian Mitochondrial`
`14`	`Flatworm Mitochondrial`
`15`	`Blepharisma Nuclear`
`16`	`Chlorophycean Mitochondrial`
`21`	`Trematode Mitochondrial`
`22`	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
`23`	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Описание

seqshoworfs определяет и освещает все открытые системы координат чтения с использованием стандарта или альтернативного генетического кода.

seqshoworfs(SeqNT) отображает последовательность с подсвеченными всеми открытыми системами координат считывания и возвращает структуру начального и стопового положения для каждого ORF в каждой системе координат считывания. Стандартный генетический код используется с стартовым кодоном 'AUG' и стоповые кодоны 'UAA', 'UAG', и 'UGA'.

seqshoworfs (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает seqshoworfs с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...) задает отображаемые системы координат. По умолчанию необходимо отобразить первую, вторую и третью системы координат с ORF, подсвеченными в каждом кадре.

seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) задает генетический код, используемый для нахождения открытых систем координат.

seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...) устанавливает минимальное количество кодонов для ORF, которое должно считаться допустимым. Значение по умолчанию 10.

seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) использует альтернативные стартовые кодоны, если AlternativeStartCodons установлено в true. Для примера в генетическом коде митохондрий человека AUA и AUU известно, что это альтернативные стартовые кодоны. Для получения дополнительной информации об альтернативных стартовых кодонах см.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1

seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...) задает цвет, используемый для подсветки открытых систем координат чтения в выход отображения. Цветовая схема по умолчанию является синей для первой системы координат чтения, красной для второго и зеленой для третьего.

seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...) задает, сколько столбцов на линию использовать в выходах. Значение по умолчанию 64.

Примеры

Отобразите открытые системы координат считывания в случайной нуклеотидной последовательности.

s = randseq(200, 'alphabet', 'dna');
seqshoworfs(s);

Отображение открытых систем координат чтения в GenBank^® последовательность.

HLA_DQB1 = getgenbank('NM_002123');
seqshoworfs(HLA_DQB1.Sequence);

Подробнее о

свернуть все

Цветовые опции

Ниже списки предопределенные цвета и их триплеты RGB. Краткие имена и длинные имена являются векторами символов, которые задают один из восьми предустановленных цветов. Триплет RGB представляет собой трехэлементный вектор-строку, элементы которого определяют интенсивность красных, зеленых и синих компонентов цвета; интенсивность должна быть в области значений [0 1].

Триплет RGB	Краткое имя	Длинное имя
`[1 1 0]`	`y`	`yellow`
`[1 0 1]`	`m`	`magenta`
`[0 1 1]`	`c`	`cyan`
`[1 0 0]`	`r`	`red`
`[0 1 0]`	`g`	`green`
`[0 0 1]`	`b`	`blue`
`[1 1 1]`	`w`	`white`
`[0 0 0]`	`k`	`black`

См. также

Представлено до R2006a

Документация