multialignwrite

Запись нескольких выравниваний в файл

Синтаксис

multialignwrite(File, Alignment) multialignwrite(..., 'Format', FormatValue, ...) multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue, ...) multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue, ...)

Описание

multialignwrite(File, Alignment) записывает содержимое выравнивания в файл с форматом ALN ClustalW (по умолчанию) или MSF.

multialignwrite (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает multialignwrite с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключайте каждую PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

multialignwrite(..., 'Format', FormatValue, ...) задает формат файла. FormatValue можно 'ALN' (по умолчанию) или 'MSF'.

multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue, ...) задает первую линию файла. Значение по умолчанию для HeaderValue является 'MATLAB multiple sequence alignment'.

multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue, ...) определяет, добавлять ли счетчики остатков в конец каждой линии. WriteCountValue можно true (по умолчанию) или false.

Входные параметры

`Alignment`	A выравнивания, такой как возвращенный `multialign` функция, представленная вектором структур, каждый из которых содержит поля `Header` и `Sequence`.
`File`	Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла для сохранения данных. Если вы задаете только имя файла, файл сохраняется в MATLAB^® Браузер текущей папки. Совет Если вы используете `.msf` расширение при предоставлении имени файла для `File`данные записываются в MSF-форматированный файл. В противном случае данные записываются в файл с форматом ALN ClustalW. Под столбцами файла ClustalW ALN могут появиться символы, которые обозначают: *`` - Остатки или нуклеотиды в столбце идентичны во всех последовательностях в выравнивании. `:` - Консервативные замещения существуют в столбце для всех последовательностей в выравнивании. `.`** - Полуконсервированные замены существуют в столбце для всех последовательностей в выравнивании. Для получения дополнительной информации об этих символах и группах остатков, считающихся сохраненными и полуконсервированными, смотрите раздел 12 в «Изменениях с версии 1.6» в `https://web.mit.edu/seven/src/clustalw-1.82/README`.
`FormatValue`	Вектор символов или строка, которая задает формат `File`. Варианты `'ALN'` (по умолчанию) или `'MSF'`. Совет Можно также записать в MSF-форматированный файл с помощью `.msf` расширение при предоставлении имени файла для `File`.
`HeaderValue`	Вектор символов или строка, которая задает первую линию файла. Совет Используйте `'Header'` Свойство, должен ли заголовок файла быть определенным форматом для стороннего программного обеспечения. По умолчанию: `'MATLAB multiple sequence alignment'`
`WriteCountValue`	Определяет, добавлять ли счетчики остатков в конец каждой линии. Варианты `true` (по умолчанию) или `false`.

Примеры

Используйте fastaread функцию для чтения p53samples.txtFASTA-форматированный файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит семь последовательностей антигена р53 клеточной опухоли.
```
p53 = fastaread('p53samples.txt')

p53 = 

7x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence
```
Используйте multialign функция для выравнивания семи последовательностей антигена р53 клеточной опухоли.
```
ma = multialign(p53,'verbose',true);
```
Запишите выравнивание в файл с именем p53.aln.
```
multialignwrite('p53.aln',ma)
```

См. также

Введенный в R2008b

Документация