Exponenta Banner

subtree (phytree)

Экстракт филогенетического поддерева

Синтаксис

Tree2 = subtree(Tree1, Nodes)

Описание

Tree2 = subtree(Tree1, Nodes) извлекает новое поддерево (Tree2) где новый корень является первым общим предком Nodes вектор от Tree1. Узлы в дереве индексируются следующим [1:NUMLEAVES] для листьев и как [NUMLEAVES+1:NUMLEAVES+NUMBRANCHES] для ветвей. Узлы также могут быть логическим массивом следующих размеров [NUMLEAVES+NUMBRANCHES x 1], [NUMLEAVES x 1] или [NUMBRANCHES x 1].

Примеры

  1. Загрузите филогенетическое дерево, созданное из белкового семейства.

    tr = phytreeread('pf00002.tree');

  2. Получите поддерево, которое содержит белки VIPR2 и GLR человека.

    sel = getbyname(tr,{'vipr2_human','glr_human'});
sel = any(sel,2);
tr =  subtree(tr,sel);
view(tr)

См. также

| | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка