Проанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL
featuresparse был переименован. Используйте featureparse вместо этого.
FeatStruct = featuresparse(Features)
FeatStruct =
featuresparse(Features, ...'Feature', FeatureValue,
...)
FeatStruct = featuresparse(Features,
...'Sequence', SequenceValue, ...)
Features | Любое следующее:
|
FeatureValue | Имя функции содержится в Features. Когда задано, featuresparse возвращает только подструктуру, которая соответствует этой функции. Если существует несколько функций с тем же FeatureValue, то FeatStruct является массивом структур. |
SequenceValue | Свойство управлять экстракцией, если это возможно, последовательностей, соответствующих к каждой функции, присоединяясь и дополняя части исходной последовательности и храня их в поле Sequence возвращенной структуры, FeatStruct. При извлечении последовательности от неполной функции CDS featuresparse использует спецификатор codon_start, чтобы настроить кадр последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
FeatStruct | Выведите структуру, содержащую поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct совпадает с соответствующим именем функции в GenBank, GenPept или базе данных EMBL, за исключениями, перечисленными в таблице ниже. Поля в FeatStruct содержат подструктуры со спецификаторами функции как поля. В GenBank, GenPept и базах данных EMBL, для каждой функции, единственный обязательный спецификатор является своим местоположением, которое featuresparse переводит в поле Location. Когда возможно, featuresparse также переводит это местоположение в числовые индексы, создавая поле Indices.ПримечаниеЕсли вы используете поле |
FeatStruct = featuresparse(Features)Features, который содержит GenBank, GenPept или функции EMBL. Features может быть a:
Вектор символов, содержащий GenBank, GenPept или функции EMBL
Символьный массив MATLAB включая текстовое описание GenBank, GenPept или функции EMBL
Структура MATLAB с полевым соответствием GenBank, GenPept или данным EMBL, таким как возвращенные genbankread, genpeptread, emblread, getgenbank, getgenpept или getembl
FeatStruct является выходной структурой, содержащей поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct совпадает с соответствующим именем функции в GenBank, GenPept или базе данных EMBL, за следующими исключениями.
| Покажите имя в GenBank, GenPept или базе данных EMBL | Имя поля в структуре MATLAB |
|---|---|
-10_signal | minus_10_signal |
-35_signal | minus_35_signal |
3'UTR | three_prime_UTR |
3'clip | three_prime_clip |
5'UTR | five_prime_UTR |
5'clip | five_prime_clip |
D-loop | D_loop |
Поля в FeatStruct содержат подструктуры со спецификаторами функции как поля. В GenBank, GenPept и базах данных EMBL, для каждой функции, единственный обязательный спецификатор является своим местоположением, которое featuresparse переводит в поле Location. Когда возможно, featuresparse также переводит это местоположение в числовые индексы, создавая поле Indices.
Если вы используете поле Indices, чтобы извлечь информацию о последовательности, вы, возможно, должны дополнить последовательности.
FeatStruct = featuresparse (Features, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) featuresparse с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
возвращает только подструктуру, которая соответствует FeatStruct =
featuresparse(Features, ...'Feature', FeatureValue,
...)FeatureValue, имени функции, содержавшейся в Features. Если существует несколько функций с тем же FeatureValue, то FeatStruct является массивом структур.
FeatStruct = featuresparse(Features,
...'Sequence', SequenceValue, ...)Sequence. При извлечении последовательности от неполной функции CDS featuresparse использует спецификатор codon_start, чтобы настроить кадр последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Следующий пример получает все функции, сохраненные в файле GenBank nm175642.txt:
gbkStruct = genbankread('nm175642.txt');
features = featuresparse(gbkStruct)
features =
source: [1x1 struct]
gene: [1x1 struct]
CDS: [1x1 struct]Следующий пример получает только последовательности кодирования (CDS) функция Синорхэбдити elegans космидная запись (инвентарный номер Z92777) от базы данных GenBank:
worm = getgenbank('Z92777');
CDS = featuresparse(worm,'feature','cds')
CDS =
1x12 struct array with fields:
Location
Indices
locus_tag
standard_name
note
codon_start
product
protein_id
db_xref
translation
Получите две последовательности нуклеотида из базы данных GenBank для нейраминидазы (NA) белок двух деформаций Гриппа вирус (H5N1).
hk01 = getgenbank('AF509094');
vt04 = getgenbank('DQ094287');
Извлеките последовательность области кодирования для нейраминидазы (NA) белок от двух последовательностей нуклеотида. Последовательности областей кодирования хранятся в полях Sequence возвращенных структур, hk01_cds и vt04_cds.
hk01_cds = featuresparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true); vt04_cds = featuresparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
Если вы извлекли последовательности нуклеотида, можно использовать nt2aa и функции nwalign, чтобы выровнять последовательности аминокислот, преобразованные от последовательностей нуклеотида.
[sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
Затем можно использовать функцию seqinsertgaps, чтобы скопировать разрывы от выровненных последовательностей аминокислот до их соответствующих последовательностей нуклеотида, таким образом выравнивание кодона их.
hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:)) vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
Если у вас есть код, выровнял эти две последовательности, можно использовать их в качестве входа к другим функциям, таким как dnds, который вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замен выровненных кодоном последовательностей нуклеотида. Установкой Verbose к true можно также отобразить кодоны, рассмотренные в вычислениях и их переводах аминокислоты.
[dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
emblread | genbankread | genpeptread | getgenbank | getgenpept