Exponenta Banner

getTranscripts

Класс: GTFAnnotation

Возвратите таблицу уникальных расшифровок стенограммы в объекте GTFAnnotation

расширьте все на странице

Синтаксис

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj)
transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Reference',R)
transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Gene',G)
transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Transcript',T)

Описание

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj) возвращает transcriptsTable, таблицу расшифровок стенограммы, на которые ссылаются экзоны в AnnotObj.

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Reference',R) возвращает расшифровку (расшифровки) стенограммы, которые принадлежат ссылке (ссылкам), заданной R.

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Gene',G) возвращает расшифровку (расшифровки) стенограммы, которые принадлежат гену (генам), заданному G.

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Transcript',T) возвращает расшифровку (расшифровки) стенограммы, заданную T.

Входные параметры

развернуть все

Аннотация GTF, заданная как объект GTFAnnotation.

Имена ссылочных последовательностей, заданных как вектор символов, строка, представляют в виде строки вектор, массив ячеек из символьных векторов или категориальный массив.

Названия должны произойти от поля Reference AnnotObj. Если имя не существует, функция обеспечивает предупреждение и игнорирует его.

Имена генов, заданных как вектор символов, строка, представляют в виде строки вектор, массив ячеек из символьных векторов или категориальный массив.

Названия должны произойти от поля Gene AnnotObj. Если имя не существует, функция обеспечивает предупреждение и игнорирует имя.

Имена расшифровок стенограммы, заданных как вектор символов, строка, представляют в виде строки вектор, массив ячеек из символьных векторов или категориальный массив.

Названия должны произойти от поля Transcript AnnotObj. Если имя не существует, функция дает предупреждение и игнорирует имя.

Выходные аргументы

развернуть все

Расшифровки стенограммы, возвращенные как таблица. Таблица содержит следующие переменные для каждой расшифровки стенограммы.

Имя переменнойОписание
TranscriptМассив ячеек из символьных векторов, содержащий идентификаторы расшифровки стенограммы, полученные из поля Transcript AnnotObj.
GeneNameМассив ячеек из символьных векторов, содержащий имена выраженных генов, полученных из поля Attributes AnnotObj. Этот массив ячеек может содержать пустые символьные вектора, если соответствующие названия генов не найдены в Attributes.
GeneIDМассив ячеек из символьных векторов, содержащий выраженные генные идентификаторы, полученные из поля Gene AnnotObj.
ReferenceКатегориальный массив, представляющий имена ссылочных последовательностей, которым принадлежат выраженные гены. Ссылочные имена от поля Reference AnnotObj.
StartЗапустите местоположение первого экзона в каждой расшифровке стенограммы.
StopОстановите местоположение последнего экзона в каждой расшифровке стенограммы.
StrandКатегориальный массив, содержащий скрутку выраженного гена.

Примеры

развернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте объект GTFAnnotation из отформатированного GTF файла.

obj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Получите список названий генов, перечисленных в объекте.

gNames = getGeneNames(obj)
gNames = 28x1 cell array
    {'uc002qvu.2'}
    {'uc002qvv.2'}
    {'uc002qvw.2'}
    {'uc002qvx.2'}
    {'uc002qvy.2'}
    {'uc002qvz.2'}
    {'uc002qwa.2'}
    {'uc002qwb.2'}
    {'uc002qwc.1'}
    {'uc002qwd.2'}
    {'uc002qwe.3'}
    {'uc002qwf.2'}
    {'uc002qwg.2'}
    {'uc002qwh.2'}
    {'uc002qwi.3'}
    {'uc002qwk.2'}
    {'uc002qwl.2'}
    {'uc002qwm.1'}
    {'uc002qwn.1'}
    {'uc002qwo.1'}
    {'uc002qwp.2'}
    {'uc002qwq.2'}
    {'uc010ewe.2'}
    {'uc010ewf.1'}
    {'uc010ewg.2'}
    {'uc010ewh.1'}
    {'uc010ewi.2'}
    {'uc010yim.1'}

Получите таблицу расшифровок стенограммы, которые принадлежат первому гену uc002qvu.2.

transcripts = getTranscripts(obj,'Gene',gNames{1})
transcripts=1×7 table
     Transcript     GeneName       GeneID       Reference    Start      Stop     Strand
    ____________    ________    ____________    _________    ______    ______    ______

    'uc002qvu.2'       ''       'uc002qvu.2'      chr2       218138    249852      -

Смотрите также

| | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка