Класс: BioMap
Возвратите количество последовательностей чтения, выровненных к ссылочной последовательности в BioMap
объект
Count
= getCounts(BioObj
, StartPos
, EndPos
)
GroupCount
= getCounts(BioObj
, StartPos
, EndPos
, Groups
)
GroupCount
= getCounts(BioObj
, StartPos
, EndPos
, Groups
, R
)
___ = getCounts(___, Name,Value)
возвращает Count
= getCounts(BioObj
, StartPos
, EndPos
)Count
, неотрицательное целое число, задающее количество последовательностей чтения в BioObj
A BioMap
объект, которые выравниваются к определенной области значений или набору областей значений в ссылочной последовательности. Область значений или набор областей значений заданы StartPos
и EndPos
startPos
и EndPos
могут быть два неотрицательных целых числа, таким образом что StartPos
меньше EndPos
, и оба целых числа меньше, чем длина ссылочной последовательности. StartPos
и EndPos
могут также быть два вектор-столбца, представляющие набор областей значений (наложение или сегментированный).
По умолчанию, getCounts
количества каждый только для чтения однажды. Поэтому, если чтение порождает несколько линейных оболочек столбцов, которые читают, экземпляр считается только однажды. Когда StartPos
и EndPos
укажите перекрывающиеся диапазоны, перекрывающиеся области значений рассматриваются как одну область значений.
задает GroupCount
= getCounts(BioObj
, StartPos
, EndPos
, Groups
)Groups
, вектор из целых чисел или массива ячеек из символьных векторов или вектор строки, указывая на группы, которые сегментировали области значений, принадлежат. Сегментированные области значений обработаны независимо.
задает ссылку для каждой из сегментированных областей значений, заданных GroupCount
= getCounts(BioObj
, StartPos
, EndPos
, Groups
, R
)StartPos
endPos
, и Groups
.
___ = getCounts(___,
дополнительные опции использования заданы одним или несколькими Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
|
Объект |
|
Любое из следующего:
|
|
Любое из следующего:
|
|
Вектор-строка из целых чисел, массива ячеек из символьных векторов или вектора строки одного размера с |
|
Вектор из положительных целых чисел, индексирующих Для данного значения |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Логический, который задает, обработать ли области значений, заданные Примечание Этот аргумент пары "имя-значение" проигнорирован при использовании По умолчанию: false |
|
Задает минимальное количество основных положений, которые чтение должно перекрыть в области значений или наборе областей значений, чтобы считаться. Это значение может быть любым следующим:
Значение по умолчанию: |
|
Логическое определение, соединены ли короткие чтения во время отображения (как в mRNA к геному, сопоставляющем). N символы в По умолчанию: false |
|
Вектор символов или строка, задающая метод, чтобы измерить распространенность чтений. Выбор:
Значение по умолчанию: |
|
Любое из следующего:
|
|
Любое из следующего:
|
align2cigar
| BioMap
| cigar2align
| featurecount
| getAlignment
| getBaseCoverage
| getCompactAlignment
| getIndex