Класс: BioMap
Возвратите индексы последовательностей чтения, выровненных к ссылочной последовательности в BioMap
объект
Indices
= getIndex(BioObj
, StartPos
, EndPos
)
Indices
= getIndex(BioObj
, StartPos
, EndPos
, R
)
Indices
= getIndex(..., Name,Value)
возвращает Indices
= getIndex(BioObj
, StartPos
, EndPos
)Indices
, вектор-столбец индексов, задающих последовательности чтения, которые выравниваются к области значений или набору областей значений в ссылочной последовательности в BioObj
A BioMap
объект. Область значений или набор областей значений заданы StartPos
и EndPos
startPos
и EndPos
могут быть два неотрицательных целых числа, таким образом что StartPos
меньше EndPos
, и оба целых числа меньше, чем длина ссылочной последовательности. StartPos
и EndPos
могут также быть два вектор-столбца, представляющие набор областей значений (наложение или сегментированный).
getIndex
включает каждого только для чтения однажды. Поэтому, если чтение порождает несколько линейных оболочек столбцов, индекс для того чтения появляется только однажды.
выбирает ссылку, сопоставленную с диапазономIndices
= getIndex(BioObj
, StartPos
, EndPos
, R
), указанным StartPos
и EndPos
.
возвращает индексы с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Indices
= getIndex(..., Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
|
Объект |
|
Любое из следующего:
|
|
Любое из следующего:
|
|
Положительное целое число, индексирующее |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Задает минимальное количество основных положений, которые чтение должно перекрыть в области значений или наборе областей значений, чтобы быть включенным. Это значение может быть любым следующим:
Значение по умолчанию: |
|
Задает, чтобы десятикратно уменьшить выходные индексы. Глубина покрытия в любом основном положении меньше чем или равна Значение по умолчанию: |
|
Логическое определение, соединены ли короткие чтения во время отображения (как в mRNA к геному, сопоставляющем). N символы в По умолчанию: false |
|
Вектор-столбец индексов, задающих чтения, которые выравниваются к области значений или набору областей значений в заданной ссылочной последовательности в |
Создайте a BioMap
объект, и затем использует индексы чтений, чтобы получить запуск и положения остановки для чтений, которые полностью содержатся в первых 50 положениях ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Return the indices of reads that are fully contained in the % first 50 positions of the reference sequence indices = getIndex(BMObj1, 1, 50, 'overlap', 'full'); % Use these indices to return the start and stop positions of % the reads starts = getStart(BMObj1, indices) stops = getStop(BMObj1, indices)
starts = 1 3 5 6 9 13 13 15 stops = 36 37 39 41 43 47 48 49
Создайте a BioMap
объект, и затем использует индексы чтений, чтобы получить последовательности для чтений, выравнивания которых перекрывают сегментированную область значений по крайней мере одной парой оснований:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Return the indices of the reads that overlap the % segmented range 98:100 and 198:200, by at least 1 base pair indices = getIndex(BMObj1, [98;198], [100;200], 'overlap', 1); % Use these indices to return the sequences of the reads sequences = getSequence(BMObj1, indices);
Используйте Indices
выведите от getIndex
метод, как введено к другому BioMap
методы. Выполнение так позволяет вам получить другую информацию о чтениях в области значений, таких как заголовок, запустить положение, сопоставляя качество, последовательности, и т.д.
align2cigar
| BioMap
| cigar2align
| getAlignment
| getBaseCoverage
| getCompactAlignment
| getCounts
| getSequence
| getStart
| getStop