bowtie

Короткие чтения карты к ссылочной последовательности с помощью Нор-Wheeler преобразовывают

свернуть все на странице

Синтаксис

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName)
bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName,Name,Value)

Описание

пример

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName) выравнивает чтения, заданные в reads к индексируемой ссылке, заданной indexBaseName, и пишет результаты в отформатированный BAM файл outputFileName.

Примечание

bowtie работает на Mac и платформах UNIX® только.

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName,Name,Value) выравнивает чтения с помощью дополнительных опций, заданных одним или несколькими аргументами пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Загрузите E. coli геном от NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Созданный индекс Галстука-бабочки с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Найдите путь к примеру файлом FASTQ ecoli100.fq, который имеет Э. Коли короткие чтения.

fastqfile = which('ecoli100.fq')

Выровняйте короткие чтения в ecoli100.fq в созданный индекс с базовым именем ECOLI.

bowtie('ECOLI',fastqfile,'ecoli100.bam')

Доступ к сопоставленным чтениям с помощью BioMap.

bm = BioMap('ecoli100.bam')

bm = 

BioMap with properties:

    SequenceDictionary: {'gi|110640213|ref|NC_008253.1|'}
             Reference: [73x1 File indexed property]
             Signature: [73x1 File indexed property]
                 Start: [73x1 File indexed property]
        MappingQuality: [73x1 File indexed property]
                  Flag: [73x1 File indexed property]
          MatePosition: [73x1 File indexed property]
               Quality: [73x1 File indexed property]
              Sequence: [73x1 File indexed property]
                Header: [73x1 File indexed property]
                 NSeqs: 73
                  Name: ''

Входные параметры

свернуть все

Имя индексируемого ссылочного файла для короткого выравнивания чтения в виде вектора символов или строки, содержащей путь и базовое имя индексного файла Галстука-бабочки.

Короткие чтения, чтобы выровняться к индексируемой ссылке в виде вектора символов, строки, вектора строки или массива ячеек из символьных векторов, указывающего на один или несколько FASTQ, отформатировали файлы с входными чтениями.

Назовите для выходного файла, содержащего результаты короткого выравнивания чтения в виде вектора символов или строки. По умолчанию выходной файл отформатирован BAM, и bowtie автоматически добавляет .bam расширение, если это отсутствует в имени файла.

Чтобы задать файл SAM-отформатированного-вывода, используйте аргумент пары "имя-значение" BamFileOutput,false. В этом случае, bowtie автоматически добавляет .sam расширение, если это отсутствует в имени файла.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'BamFileOutput',false,'Paired',true указывает, что выходной файл SAM-отформатирован, и bowtie выполняет считанное из пары выравнивание.

Индикатор для формата выходного файла в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'BamFileOutput' и любой true или false.

  • Если true (значение по умолчанию), затем выходной файл отформатирован BAM с .bam расширение.

  • Если false, затем выходной файл SAM-отформатирован с .sam расширение.

bowtie автоматически добавляет соответствующее расширение файла, если оно пропускает от входного параметра outputFileName.

Пример: 'BamFileOutput',false

Типы данных: логический

Индикатор для парно считанной эффективности выравнивания в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Paired' и любой true или false (значение по умолчанию). Если false, затем bowtie выполняет парно считанное выравнивание с помощью нечетных элементов в reads как восходящие помощники и ровные элементы в reads как нисходящие помощники.

Пример: 'Paired',true

Типы данных: логический

Дополнительный bowtie опции в виде вектора символов или строки для любого допустимого bowtie опции. Введите bowtie('--help') для доступных параметров.

Пример: 'BowtieOptions','-k 5 -m 4'

Советы

  • Больше информации об алгоритме Галстука-бабочки (Версия 0.12.7) может быть найдено в http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно созданные индексные файлы для организмов модели могут быть загружены непосредственно с репозитория Галстука-бабочки.

Смотрите также

| | | | | | |

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте