Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности
ntdensity(
SeqNT
)
Density
= ntdensity(SeqNT
)
... = ntdensity(..., 'Window', WindowValue
,
...)
[Density
, HighCG
]
= ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue
,
...)
SeqNT | Одно из следующего:
Примечание Несмотря на то, что можно представить последовательность с нуклеотидами кроме |
WindowValue | Значение, которое задает длину окна для вычисления плотности. Значением по умолчанию является |
CGThresholdValue | Управляет возвратом индексов для областей где |
ntdensity(
строит плотность нуклеотидов SeqNT
)A
C
G
, и T
в последовательности SeqNT
.
возвращает структуру MATLAB с плотностью нуклеотидов Density
= ntdensity(SeqNT
)A
C
G
, и T
.
... = ntdensity (
вызовы SeqNT
PropertyName
', PropertyValue
, ...)ntdensity
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = ntdensity(..., 'Window',
использует окно длины WindowValue
,
...)WindowValue
для вычисления плотности. WindowValue
по умолчанию
длина (
.SeqNT
)/20
[
возвращает индексы для областей где Density
, HighCG
]
= ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue
,
...)CG
содержимое SeqNT
больше CGThresholdValue
. CGThresholdValue
по умолчанию
5
.
Создайте случайный вектор символов, чтобы представлять последовательность нуклеотида.
s = randseq(1000, 'alphabet', 'dna');
Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности.
ntdensity(s)
basecount
| codoncount
| cpgisland
| dimercount
| filter