affyprobeseqread

Считывание файла данных, содержащего информацию о последовательности зондов для массива Affymetrix GeneChip

Синтаксис

Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile) Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'SeqPath', SeqPathValue, ...) Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'CDFPath', CDFPathValue, ...) Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'SeqOnly', SeqOnlyValue, ...)

Входные аргументы

`SeqFile`	Символьный вектор или строка, указывающая имя файла последовательности (с разделением табуляцией или FASTA), который содержит следующую информацию для определенного типа массива Affymetrix ® ^GeneChip ®: Идентификаторы наборов зондов X-координаты зонда Y-координаты зонда Последовательности зондов в каждом наборе зондов Тип массива Affymetrix GeneChip (только файл FASTA) Файл последовательности (разделенный табуляцией или FASTA) должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке (если не используется `SeqPath` свойство). В файле, разделенном табуляцией, каждая строка представляет зонд; в файле FASTA каждый заголовок представляет пробу.
`CDFFile`	Одно из следующих действий: Символьный вектор или строка, указывающая имя файла библиотеки Affymetrix CDF, который содержит информацию, которая указывает, какому набору зондов принадлежит каждый зонд в определенном типе массива Affymetrix GeneChip. Файл библиотеки CDF должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке MATLAB (если не используется `CDFPath` свойство). Структура CDF, например, возвращенная `affyread` функция, которая содержит информацию, которая указывает, какому набору зондов принадлежит каждый зонд в определенном типе массива Affymetrix GeneChip. Внимание Убедитесь, что `SeqFile` и `CDFFile` содержат информацию для того же типа массива Affymetrix GeneChip.
`SeqPathValue`	Символьный вектор или строка, указывающая папку или путь и папку, где `SeqFile` хранится.
`CDFPathValue`	Символьный вектор или строка, указывающая папку или путь и папку, где `CDFFile` хранится.
`SeqOnlyValue`	Управляет возвратом структуры, `Struct`, только с одним полем, `SequenceMatrix`. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

Struct

Структура MATLAB содержит следующие поля:

ProbeSetIDs
ProbeIndices
SequenceMatrix

Описание

Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile) считывает данные из файлов SeqFile и CDFFileи сохраняет данные в структуре MATLAB Struct, который содержит следующие поля.

Область	Описание
`ProbeSetIDs`	Массив ячеек, содержащий идентификаторы наборов зондов из файла библиотеки Affymetrix CDF.
`ProbeIndices`	Вектор столбца, содержащий информацию индексации зонда. Зонды в наборе зондов пронумерованы от 0 до N-1, где N - количество зондов в наборе зондов.
`SequenceMatrix`	Матрица N-by-25 информации о последовательности для зондов идеального соответствия (PM) в массиве Affymetrix GeneChip, где N - количество зондов в массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одной из 25 позиций последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел: `0` Ничего `1` - A `2` - C `3` - G `4` - Т Примечание Зонды без информации о последовательности представлены в `SequenceMatrix` как строка, содержащая все `0`s. Совет Вы можете использовать `int2nt` функция преобразования нуклеотидных последовательностей в `SequenceMatrix` к буквенному представлению.

Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования affyprobeseqread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'SeqPath', SeqPathValue, ...) позволяет указать путь и папку, где SeqFile хранится.

Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'CDFPath', CDFPathValue, ...) позволяет указать путь и папку, где CDFFile хранится.

Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'SeqOnly', SeqOnlyValue, ...) управляет возвратом структуры, Struct, только с одним полем, SequenceMatrix. Варианты: true или false (по умолчанию).

Примеры

Считывайте данные из файла FASTA и связанного файла библиотеки CDF, предполагая, что оба файла находятся в пути поиска MATLAB или в текущей папке.
```
S1 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_fasta', 'HG_U95A.CDF');
```
Считывайте данные из файла, разделенного табуляцией, и связанной структуры CDF, предполагая, что файл, разделенный табуляцией, находится в указанной папке, а структура CDF находится в рабочей области MATLAB.
```
S2 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_tab',hgu95aCDFStruct,...
     'seqpath','C:\Affymetrix\SequenceFiles\HGGenome');
```
Доступ к нуклеотидным последовательностям первого набора зондов (строки 1-20) в SequenceMatrix области S2 структура.
```
seq = int2nt(S2.SequenceMatrix(1:20,:))
```

См. также

Представлен в R2007a

Документация