Exponenta Banner
exponenta event banner

getBowtie2Command

Перевести свойства объекта в параметры Bowtie 2

свернуть все на странице

Синтаксис

S = getBowtie2Command (объект)
S = getBowtie2Command (объект, 'IncludeAll', TF)

Описание

пример

S = getBowtie2Command(object) возвращает символьный вектор S, представляющий синтаксис опции Bowtie 2, соответствующий измененным свойствам объекта. По умолчанию функция преобразует только измененные свойства.

getBowtie2Command требуется интерфейс Toolbox™ биоинформатики для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

getBowtie2Command поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

пример

S = getBowtie2Command(object,'IncludeAll',TF) указывает, следует ли преобразовывать все свойства объекта (true) или только измененные свойства (false).

Примеры

свернуть все

Создать Bowtie2AlignOptions объект.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Измените свойства объекта. Например, укажите, чтобы отсечь четыре остатка от 3' и 5' заканчивается перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;
 alignOpt.Trim5 = 4;

Получите эквивалентный синтаксис параметра Bowtie 2 для измененных свойств.

 getbowtie2command(alignOpt)
ans =

    '-3 4 -5 4'

Входные аргументы

свернуть все

Объект параметров Bowtie 2, указанный как Bowtie2AlignOptions, Bowtie2InspectOptions, или Bowtie2BuildOptions объект.

Пример: alignOpt

Флаг для преобразования всех свойств объекта, указанный как true или false. Если true, функция преобразует все свойства объекта. Если falseфункция преобразует только измененные свойства.

Пример: true

Типы данных: logical

Выходные аргументы

свернуть все

Синтаксис параметра Bowtie 2 [1], возвращаемый как символьный вектор. Синтаксис префиксируется одним или двумя тире.

Ссылки

[1] Лэнгмед, Б. и С. Зальцберг. «Быстрое согласование чтения с Bowtie 2». Методы природы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Представлен в R2018a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка