Exponenta Banner
exponenta event banner

задать

Задать комбинацию опций трассы

свернуть все на странице

Синтаксис

preset (объект, Р)

Описание

пример

preset(object,P) задает комбинацию опций выравнивания (свойств объекта) для предопределенных значений для типичных компромиссов между временем выполнения и чувствительностью. Функция устанавливает следующие свойства объекта: NumReseedings, NumSeedExtensions, NumSeedMismatches, SeedIntervalFunction, SeedLength, и Mode.

preset требуется интерфейс Toolbox™ биоинформатики для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

preset поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома дрозофилы. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В этом примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с панелью инструментов.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса выполнено успешно, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Как только индекс готов, сопоставьте считанные последовательности со ссылкой. Файлы для чтения на парной стороне (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже обеспечены панелью инструментов.

Создание объекта параметров.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Некоторые заданные параметры определяют комбинацию значений для нескольких параметров трассы одновременно. Используйте пустую строку для просмотра списка всех заданных параметров.

preset(alignOpt,'')
ans =

  8×6 table

                          NumSeedExtensions    NumReseedings    NumSeedMismatches    SeedLength    SeedIntervalFunction       Mode   
                          _________________    _____________    _________________    __________    ____________________    __________

    Fast                         10                  2                  0                22             'S,0,2.50'         'EndToEnd'
    LocalFast                    10                  2                  0                22             'S,1,1.75'         'Local'   
    LocalSensitive               15                  2                  0                20             'S,1,0.75'         'Local'   
    LocalVeryFast                 5                  1                  0                25             'S,1,2.00'         'Local'   
    LocalVerySensitive           20                  3                  0                20             'S,1,0.50'         'Local'   
    Sensitive                    15                  2                  0                22             'S,1,1.15'         'EndToEnd'
    VeryFast                      5                  1                  0                22             'S,0,2.50'         'EndToEnd'
    VerySensitive                20                  3                  0                20             'S,1,0.50'         'EndToEnd'

Выровнять с помощью 'Fast' , что делает процесс выравнивания более быстрым, но менее чувствительным и менее точным.

preset(alignOpt,'Fast');

Отображение операций чтения на ссылку с использованием заданных параметров трассы.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_fast.sam');

Выходные данные представляют собой файл в формате SAM, содержащий результаты сопоставления.

Входные аргументы

свернуть все

Параметры трассы, заданные как Bowtie2AlignOptions объект.

Пример: alignOpt

Опция «Предустановленные», заданная как символьный вектор. Допустимые параметры: 'Sensitive', 'VerySensitive', 'Fast', 'VeryFast', 'LocalFast', 'LocalVeryFast', 'LocalSensitive', 'LocalVerySensitive', и ''. Использовать пустой символьный вектор '' для отображения предопределенных значений для каждой опции предустановки.

Пример: 'LocalFast'

Ссылки

[1] Лэнгмед, Б. и С. Зальцберг. «Быстрое согласование чтения с Bowtie 2». Методы природы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Представлен в R2018a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка