Exponenta Banner
exponenta event banner

управляемый

Считывание последовательности карт в ссылочную последовательность с помощью Bowtie 2

свернуть все на странице

Синтаксис

прогон (object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName)
run (___, «IncludeAll», TF)
flag = прогон (___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName) сопоставляет последовательные чтения из reads1 и reads2 по ссылочной последовательности и записывает результаты в выходной файл outputFileName. Вход indexBaseName представляет базовое имя (префикс) ссылочных индексных файлов. object является Bowtie2AlignOptions объект.

run требуется интерфейс Toolbox™ биоинформатики для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

run поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) указывает, следует ли использовать все свойства объекта и их соответствующие значения при выполнении bowtie2. Укажите этот параметр после всех других входных аргументов. По умолчанию для запуска используются только измененные свойства bowtie2.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag функции, использующей любой из входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Сначала создайте набор индексных файлов для генома дрозофилы. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В этом примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с панелью инструментов.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса выполнено успешно, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Как только индекс готов, сопоставьте считанные последовательности со ссылкой. Файлы чтения на стороне пары (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже обеспечены панелью инструментов.

Создание объекта параметров.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрезать четыре остатка из 3' завершить перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Выполняется считывание ссылки с помощью указанной опции выравнивания.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam');

Выходные данные представляют собой файл в формате SAM, содержащий результаты сопоставления.

Входные аргументы

свернуть все

Параметры трассы, заданные как Bowtie2AlignOptions объект.

Пример: 'alignOpt'

Базовое имя (префикс) ссылочных индексных файлов, указанное как символьный вектор или строка. Файлы индекса находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имена файлов с первым совпадающим чтением или одинарным чтением, заданные как символьный вектор или строка.

Для данных парного конца последовательности в reads1 должны соответствовать последовательности file-for-file и read-for-read в reads2.

Пример: 'SRR6008575_10k_1.fq'

Типы данных: char | string

Имена файлов со вторым совмещением, указанные как символьный вектор или строка.

Определить reads2 в виде пустого символьного вектора или строки ('' или ""), если данные состоят только из одного конца чтения.

Пример: 'SRR6008575_10k_2.fq'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла, указанное как символьный вектор или строка. Этот файл содержит результаты сопоставления.

Пример: 'SRR6008575_10k_chr4.sam'

Типы данных: char | string

Флажок для использования всех свойств объекта и их соответствующих значений при выполнении функции, указанной как true или false. По умолчанию используются только измененные свойства.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Состояние выхода функции, возвращаемое как целое число. flag является 0 если функция выполняется без ошибок или предупреждений. В противном случае это ненулевое значение.

Ссылки

[1] Лэнгмед, Б. и С. Зальцберг. «Быстрое согласование чтения с Bowtie 2». Методы природы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Представлен в R2018a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка