Exponenta Banner
exponenta event banner

управляемый

Построить индексные файлы Bowtie 2

свернуть все на странице

Синтаксис

run (объект, имя файла ссылки, имя базы индекса)
run (___, «IncludeAll», TF)
flag = прогон (___)

Описание

пример

run(object,referenceFileNames,indexBaseName) строит индексные файлы Bowtie 2 из информации о последовательности ссылок, сохраненной в файлах FASTA, указанных referenceFileNames.

run требуется интерфейс Toolbox™ биоинформатики для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

run поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) указывает, следует ли использовать все свойства объекта и их соответствующие значения при выполнении bowtie2build. Укажите этот параметр после всех других входных аргументов. По умолчанию для запуска функции используются только измененные свойства.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag функции, использующей любой из входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома дрозофилы. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

Создание объекта параметров.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Создайте файлы индекса с помощью run функция. В этом примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с панелью инструментов.

flag = run(buildOpt,'Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса выполнено успешно, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Входные аргументы

свернуть все

Параметры построения файлов индекса, указанные как Bowtie2BuildOptions объект.

Пример: 'buildOpt'

Имена файлов с информацией о ссылочной последовательности, определяемой как строка, символьный вектор, строковый массив или массив ячеек символьных векторов.

Пример: 'Dmel_chr4.fa'

Типы данных: char | string | cell

Базовое имя (префикс) ссылочных индексных файлов, указанное как символьный вектор или строка. Файлы индекса находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Флажок для использования всех свойств объекта и их соответствующих значений при выполнении функции, указанной как true или false. По умолчанию используются только измененные свойства.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Состояние выхода функции, возвращаемое как целое число. flag является 0 если функция выполняется без ошибок или предупреждений. В противном случае это ненулевое значение.

Ссылки

[1] Лэнгмед, Б. и С. Зальцберг. «Быстрое согласование чтения с Bowtie 2». Методы природы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Представлен в R2018a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка