Exponenta Banner
exponenta event banner

управляемый

Проверка файлов индекса Bowtie 2

свернуть все на странице

Синтаксис

run (объект, indexBaseName, outputFileName)
run (___, «IncludeAll», TF)
flag = прогон (___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,outputFileName) проверяет файлы индекса Bowtie 2 с префиксом indexBaseName, проверяет исходные последовательности ссылок, используемые для построения индекса, и сохраняет последовательности ссылок в выходном файле outputFileName. Аргумент object является Bowtie2InspectOptions объект.

run требуется интерфейс Toolbox™ биоинформатики для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

run поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) указывает, следует ли использовать все свойства объекта и их соответствующие значения при выполнении bowtie2inspect. Укажите этот параметр после всех других входных аргументов. По умолчанию для запуска используются только измененные свойства bowtie2inspect.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag функции, использующей любой из входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Получение информации о ссылочной последовательности, используемой для построения соответствующих индексных файлов. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

Создание объекта параметров.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Проверьте индекс и получите информацию о ссылочной последовательности. По умолчанию выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой для построения индекса. Если функция запускается без предупреждения или ошибки, она возвращается 0.

flag = run(inspectOpt,'Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

Входные аргументы

свернуть все

Параметры проверки файлов индекса, указанные как Bowtie2InspectOptions объект.

Пример: 'inspectOpt'

Базовое имя (префикс) ссылочных индексных файлов, указанное как символьный вектор или строка. Файлы индекса находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла, указанное как строковый или символьный вектор. По умолчанию выходной файл содержит ссылочные последовательности, используемые для построения индексных файлов.

Пример: 'refSeq.fa'

Типы данных: char | string

Флажок для использования всех свойств объекта и их соответствующих значений при выполнении функции, указанной как true или false. По умолчанию используются только измененные свойства.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Состояние выхода функции, возвращаемое как целое число. flag является 0 если функция выполняется без ошибок или предупреждений. В противном случае это ненулевое значение.

Ссылки

[1] Лэнгмед, Б. и С. Зальцберг. «Быстрое согласование чтения с Bowtie 2». Методы природы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Представлен в R2018a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка