cpgisland

Найти острова CpG в последовательности ДНК

Синтаксис

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA) cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'Window', WindowValue, ...) cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'MinIsland', MinIslandValue, ...) cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'GCmin', GCminValue, ...) cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'CpGoe', CpGoeValue, ...) cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'Plot', PlotValue, ...)

Входные аргументы

`SeqDNA`	Одно из следующих: Символьный вектор или строка, задающая нуклеотидную последовательность Вектор ряда целых чисел, указывающий нуклеотидную последовательность Структура MATLAB ®, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность ДНК, такую как возвращенная `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank` Допустимые символы: `A`, `C`, `G`, и `T`. `cpgisland` не считает неоднозначные нуклеотиды или промежутки.
`WindowValue`	Целое число, указывающее размер окна для вычисления содержимого GC и отношения CpGobserved/CpGexpected. По умолчанию: `100` базы. Меньший размер окна увеличивает шум на графике.
`MinIslandValue`	Целое число, указывающее минимальное количество последовательных помеченных баз для отчета как CpG-остров. По умолчанию: `200` базы.
`GCminValue`	Значение, определяющее минимальный процент GC в окне, необходимый для пометки основания. Варианты - это значение между `0` и `1`. По умолчанию: `0.5`.
`CpGoeValue`	Значение, указывающее минимальное отношение CpGobserved/CpGexpected в каждом окне, необходимое для пометки базы. Варианты - это значение между `0` и `1`. По умолчанию: `0.6`. Это соотношение определяется как: CPGobs/CpGexp = (NumCpGsLength)/(NumGsNumCs)
`PlotValue`	Управляет выводом на печать содержимого GC, содержимого CpGoe, CpG-островов, размер которых превышает минимальный размер острова, и всех потенциальных CpG-островов в соответствии с указанными критериями. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

cpgStruct Структура MATLAB, содержащая начальное и конечное основания островов CpG, превышает минимальный размер острова.

Описание

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA) поиски SeqDNA, ДНК нуклеотидная последовательность для CpG островов с содержанием GC больше, чем 50% и отношение CpGobserved/CpGexpected больше, чем 60%. Он помечает базы, удовлетворяющие этому критерию, в пределах движущегося окна 100 ДНК-основания, а затем возвращает результаты в cpgStruct, структура MATLAB, содержащая начальное и конечное основания островов CpG, превышающие минимальный размер острова 200 базы.

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования cpgisland с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'Window', WindowValue, ...) задает размер окна для вычисления содержимого GC и отношения CpGobserved/CpGexpected. По умолчанию: 100 базы. Меньший размер окна увеличивает шум на графике.

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'MinIsland', MinIslandValue, ...) указывает минимальное количество последовательных маркированных баз для отчета как острова CpG. По умолчанию: 200 базы.

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'GCmin', GCminValue, ...) указывает минимальный процент GC в окне, необходимый для пометки основания. Варианты - это значение между 0 и 1. По умолчанию: 0.5.

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'CpGoe', CpGoeValue, ...) задает минимальное отношение CpGobserved/CpGexpected в каждом окне, необходимое для пометки базы. Варианты - это значение между 0 и 1. По умолчанию: 0.6. Это соотношение определяется как:

CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs)

cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'Plot', PlotValue, ...) управляет печатью содержимого GC, содержимого CpGoe, CpG-островов, превышающих минимальный размер острова, и всех потенциальных CpG-островов для указанных критериев. Варианты: true или false (по умолчанию).

Примеры

Импортируйте нуклеотидную последовательность из базы данных GenBank ®. Например, извлекают последовательность из хромосомы 12 Homo sapiens.
```
S = getgenbank('AC156455');
```
Вычислите островки CpG в последовательности и постройте график результатов.
```
cpgisland(S.Sequence,'PLOT',true)

ans = 
   
    Starts: [4510 29359]
     Stops: [5468 29604]
```
Перечислены острова CpG длиной более 200 оснований и отображается график.

См. также

basecount | ntdensity | seqshoworfs

Представлен до R2006a

Документация