Удалить гены с низкими значениями экспрессии энтропии
Mask = geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData] = geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData, FNames] = geneentropyfilter(Data, Names)
geneentropyfilter(..., 'Percentile', PercentileValue)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует экспериментальным результатам для одного гена. Каждая колонка является результатами для всех генов из одного эксперимента. |
Names | Клеточный массив символьных векторов или строковых векторов, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Свойство для указания процентиля, под которым удаляются данные гена. Введите значение из |
Mask = geneentropyfilter(Data)Data со значениями энтропии меньше 10-го процентиля.
Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствующие строкам с дисперсией, превышающей пороговое значение, имеют значение 1, и те, у кого дисперсия меньше порогового значения, являются 0.
[ прибыль Mask, FData] = geneentropyfilter(Data)FData, отфильтрованную матрицу данных. Можно также создать FData использование FData = Data(Mask,:)
[ прибыль Mask, FData, FNames] = geneentropyfilter(Data, Names)FNames, массив отфильтрованных имен, где Names - клеточный массив символьных векторов или строковых векторов имен генов, соответствующих каждой строке Data. Можно также создать FNames использование FNames = Names(Mask)
Примечание
Если Data является объектом DataMatrix с указанными именами строк, нет необходимости предоставлять второй ввод Names для возврата третьего выходного сигнала FNames.
geneentropyfilter(..., 'Percentile', удаляет из PercentileValue)Data, экспериментальные данные, профили экспрессии генов со значениями энтропии менее PercentileValue, указанный процентиль.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, который содержит дрожжевые данные. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvaluesматрица данных экспрессии генов, genesмассив ячеек регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк вyeastvalues, и times, вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataУдалить гены с низкими значениями экспрессии энтропии.
[fyeastvalues, fgenes] = geneentropyfilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Butte A.J. (2003), Микрочипы для интегративной геномики, Кембридж, MA: MIT Press.
exprprofrange | exprprofvar | genelowvalfilter | generangefilter | genevarfilter