Exponenta Banner
exponenta event banner

genelowvalfilter

Удалить профили генов с низкими абсолютными значениями

свернуть все на странице

Синтаксис

Маска = genelowvalfilter (данные)
[Маска, FData] = genelowvalfilter (Data)
[Mask, FData, FNames] = genelowvalfilter (Data, geneNames)
[___] = genelowvalfilter (___, имя, значение)

Описание

пример

Mask = genelowvalfilter(Data) возвращает логический вектор Mask идентификация профилей экспрессии генов в Data которые имеют абсолютные уровни выражения в самом низком 10% набора данных.

Эксперименты с профилем экспрессии генов имеют данные, где абсолютные значения очень низкие. Качество данных этого типа часто является плохим из-за больших ошибок квантования или просто плохой точечной гибридизации. Эта функция используется для фильтрации данных.

пример

[Mask,FData] = genelowvalfilter(Data) также возвращает FDataматрица данных, содержащая отфильтрованные профили выражений.

пример

[Mask,FData,FNames] = genelowvalfilter(Data,geneNames) также возвращает FNamesклеточный массив отфильтрованных имен генов или идентификаторов. Необходимо указать geneNames возвратиться FNames если Data является DataMatrix с указанными именами строк.

пример

[___] = genelowvalfilter(___,Name,Value) использует дополнительные параметры, указанные в качестве одного или нескольких необязательных аргументов пары имя-значение.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Загрузите образец дрожжевых данных. 

load yeastdata;

Извлеките гены и соответствующие данные экспрессии, где абсолютные уровни экспрессии превышают 10-й процентиль. 

[mask,filteredData,filteredGenes] = genelowvalfilter(yeastvalues,genes);

Сравните количество отфильтрованных генов (filteredGenes) с количеством генов в исходном наборе данных (genes). 

size (filteredGenes,1)
ans = 6394
Открыть сценарий в реальном времени

Загрузите образец дрожжевых данных. 

load yeastdata;

Отметьте гены, которые имеют низкие абсолютные уровни экспрессии ниже 10-го процентиля набора данных. 

mask = genelowvalfilter(yeastvalues);

Переменная genes содержит все имена генов в наборе дрожжевых данных. Использовать созданный логический вектор mask извлечь гены, где уровни экспрессии превышают 10-й процентиль. 

filteredGenes = genes(mask);

Извлечь соответствующие данные профиля экспрессии для выбранных генов из переменной yeastvalues, который содержит профили экспрессии каждого гена в наборе данных дрожжей. 

filteredData = yeastvalues(mask,:);
Открыть сценарий в реальном времени

Загрузите образец дрожжевых данных. 

load yeastdata;

Извлеките гены и соответствующие данные экспрессии, где абсолютные уровни экспрессии превышают 30-й процентиль набора данных. 

[mask,filteredData,filteredGenes] = genelowvalfilter(yeastvalues,genes,'Percentile',30);

Сравните количество отфильтрованных генов (filteredGenes) с количеством генов в исходном наборе данных (genes). 

size (filteredGenes,1)
ans = 6384

Входные аргументы

свернуть все

Входные данные, указанные как DataMatrix объектная или числовая матрица. Каждый ряд матрицы соответствует экспериментальным результатам для одного гена. Каждая колонка представляет результаты для всех генов из одного эксперимента.

Имена или идентификаторы генов, указанные как клеточный массив символьных векторов или строковых векторов. Массив имеет то же количество строк, что и Data. Каждая строка содержит имя или идентификатор гена в наборе данных.

Примечание

Если Data является DataMatrix с указанными именами строк, нет необходимости предоставлять второй ввод geneNames для возврата третьего выходного сигнала FNames.

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'AbsValue',10.5 определяет genelowvalfilter для удаления профилей выражений с абсолютными значениями менее 10,5.

Значение процентиля, указанное как скалярное значение в диапазоне (от 0 до 100). Функция genelowvalfilter удаляет профили экспрессии генов с абсолютными значениями, меньшими, чем значение процентиля, которое задается с помощью 'Percentile'.

Пример: 'Percentile',50

Абсолютное значение профиля выражения, указанное как вещественное число. Функция genelowvalfilter удаляет профили экспрессии генов с абсолютными значениями, меньшими абсолютного значения, которое задается с помощью 'AbsValue'.

Пример: 'AbsValue',10.5

Логический индикатор для выбора минимального или максимального абсолютного значения, указанного как true или false. Задайте значение true для выбора минимального абсолютного значения. Установить для него значение false для выбора максимального абсолютного значения.

Пример: 'AnyVal',true

Выходные аргументы

свернуть все

Логический вектор, возвращаемый как вектор 0 и 1 для каждой строки в Data. Элементы Mask со значением 1 соответствуют строкам с абсолютными уровнями выражения, превышающими порог, и строкам со значением 0 соответствуют строкам с абсолютными уровнями выражения, меньшими или равными порогу.

Отфильтрованная матрица данных, возвращенная в виде матрицы данных, которая содержит профили экспрессии генов с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими пороговое значение. Можно также создать FData использование FData = Data(Mask,:).

Массив отфильтрованных имен генов, возвращаемый как клеточный массив символьных векторов или строкового вектора. Он содержит имена генов или идентификаторы, соответствующие каждой строке Data который содержит профили экспрессии генов с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими пороговое значение. Можно также создать FNames использование FNames = geneNames(Mask).

Ссылки

[1] Кохане, И.С., Кхо, А.Т., Бьютт, А.Дж. (2003). Микрочипы для интегративной геномики, первое издание (Кембридж, Массачусетс: MIT Press).

См. также

| | | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка