Удаление профилей генов с небольшими диапазонами профилей
Mask = generangefilter(Data)
[Mask, FData] = generangefilter(Data)
[Mask, FData, FNames] = generangefilter(Data, Names)
generangefilter(..., 'Percentile', PercentileValue, ...)
generangefilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue, ...)
generangefilter(..., 'LogPercentile', LogPercentileValue, ...)
generangefilter(..., 'LogValue', LogValueValue, ...)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует экспериментальным результатам для одного гена. Каждая колонка является результатами для всех генов из одного эксперимента. |
Names | Клеточный массив символьных векторов или строковых векторов, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Свойство для указания процентиля, под которым удаляются профили экспрессии генов. Введите значение из |
AbsValueValue | Свойство для указания абсолютного значения, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. |
LogPercentileValue | Свойство для задания логарифма процентиля. |
LogValueValue | Свойство для задания логарифма абсолютного значения. |
Mask = generangefilter(Data)Dataобъект DataMatrix или матрица экспериментальных данных, а затем идентифицирует профили выражений с диапазонами меньше 10-го процентиля.
Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствующие строкам с диапазоном, превышающим пороговое значение, имеют значение 1и те, у кого диапазон меньше порогового значения, 0.
[ прибыль Mask, FData] = generangefilter(Data)FData, отфильтрованную матрицу данных. Можно также создать FData использование FData = Data(Mask,:)
[ прибыль Mask, FData, FNames] = generangefilter(Data, Names)FNames, массив отфильтрованных имен, где Names - клеточный массив символьных векторов или строковых векторов имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Names(Mask)
Примечание
Если Data является объектом DataMatrix с указанными именами строк, нет необходимости предоставлять второй ввод Names для возврата третьего выходного сигнала FNames.
generangefilter(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)generangefilter с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
generangefilter(..., 'Percentile', удаляет из экспериментальных данных ( PercentileValue, ...)Data) профили экспрессии генов с диапазонами менее указанного процентиля (PercentileValue).
generangefilter(..., 'AbsValue', удаляет из AbsValueValue, ...)Data профили экспрессии генов с диапазонами менее AbsValueValue.
generangefilter(..., 'LogPercentile', фильтрует гены с диапазонами профилей в самом низком проценте диапазона журнала (LogPercentileValue, ...)LogPercentileValue).
generangefilter(..., 'LogValue', фильтрует гены с диапазонами регистрации профиля ниже LogValueValue, ...)LogValueValue.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, который содержит дрожжевые данные. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvaluesматрица данных экспрессии генов, genesмассив ячеек регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк вyeastvalues, и times, вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataУдалить профили генов с небольшими диапазонами профилей.
[mask, fyeastvalues, fgenes] = generangefilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Butte A.J. (2003), Микрочипы для интегративной геномики, Кембридж, MA: MIT Press.
exprprofrange | exprprofvar | geneentropyfilter | genelowvalfilter | genevarfilter