Фильтровать гены с небольшой дисперсией профиля
Mask = genevarfilter(Data)
[Mask, FData] = genevarfilter(Data)
[Mask, FData, FNames] = genevarfilter(Data, Names)
genevarfilter(..., 'Percentile', PercentileValue, ...)
genevarfilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue, ...)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует гену. Если матрица, первый столбец является именами генов, и каждый дополнительный столбец является результатами эксперимента. |
Names | Клеточный массив символьных векторов или строковых векторов, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Указывает процентиль, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. Варианты являются целыми числами из |
AbsValueValue | Свойство для указания абсолютного значения, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. |
Эксперименты по профилированию генов обычно включают гены, которые проявляют небольшие вариации в своем профиле и обычно не представляют интереса. Эти гены обычно удаляются из данных.
Mask = genevarfilter(Data)Data и возвращает Mask, который идентифицирует профили экспрессии генов с дисперсией меньше 10-го процентиля. Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствующие строкам с дисперсией, превышающей пороговое значение, имеют значение 1, и те, у кого дисперсия меньше порогового значения, являются 0.
[ вычисляет дисперсию для каждого профиля экспрессии генов в Mask, FData] = genevarfilter(Data)Data и возвращает FDataотфильтрованная матрица данных, в которой профили экспрессии генов с низкой вариацией удалены. Можно также создать FData использование FData = Data(Mask,:)
[ прибыль Mask, FData, FNames] = genevarfilter(Data, Names)FNamesмассив отфильтрованных имен, в котором имена, связанные с профилями экспрессии генов с низкой вариацией, удаляются. Names - клеточный массив символьных векторов или строковых векторов имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Names(Mask)
Примечание
Если Data является объектом DataMatrix с указанными именами строк, нет необходимости предоставлять второй ввод Names для возврата третьего выходного сигнала FNames.
genevarfilter(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)genevarfilter с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
genevarfilter(..., 'Percentile', удаляет из PercentileValue, ...)Data, экспериментальные данные, профили экспрессии генов с дисперсией, меньшей, чем процентиль, указанный PercentileValue. Варианты являются целыми числами из 0 кому 100. По умолчанию: 10.
genevarfilter(..., 'AbsValue', удаляет из AbsValueValue, ...)Data , экспериментальные данные, профили экспрессии генов с дисперсией менее AbsValueValue.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, который содержит дрожжевые данные. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvaluesматрица данных экспрессии генов, genesмассив ячеек регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк вyeastvalues, и times, вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataФильтровать гены с небольшой дисперсией профиля.
[fyeastvalues, fgenes] = genevarfilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Butte A.J. (2003), Микрочипы для интегративной геномики, Кембридж, MA: MIT Press.
exprprofrange | exprprofvar | geneentropyfilter | genelowvalfilter | generangefilter