Можно выбрать из списка методов анализа сравнение нуклеотидных или аминокислотных последовательностей с использованием попарных или множественных функций выравнивания последовательностей.
Парное выравнивание последовательностей - эффективные реализации стандартных алгоритмов, таких как Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-Уотерман (swalign) алгоритмы для попарного выравнивания последовательностей. Панель инструментов также включает стандартные матрицы оценки, такие как семейства матриц PAM и BLOSUM (blosum, dayhoff, gonnet, nuc44, pam). Визуализация сходства последовательностей с seqdotplot.
Выравнивание нескольких последовательностей - функции для выравнивания нескольких последовательностей (multialign, profalign) и функции, поддерживающие несколько последовательностей (multialignread, fastaread). Также имеется графический интерфейс (seqalignviewer) для просмотра результатов выравнивания нескольких последовательностей и выполнения корректировки вручную.
Несколько профилей последовательности - реализации для нескольких алгоритмов модели Маркова со скрытым выравниванием и профилем (gethmmprof, gethmmalignment, gethmmtree, pfamhmmread, hmmprofalign, hmmprofestimate, hmmprofgenerate, hmmprofmerge, hmmprofstruct, showhmmprof).
Биологические коды - Найдите буквы или цифровые эквиваленты для часто используемых биологических кодов (aminolookup, baselookup, geneticcode, revgeneticcode).