Exponenta Banner

Высокопроизводительное секвенирование

Экспрессия генов, фактор транскрипции и анализ метилирования данных секвенирования следующего поколения (NGS), включая RNA-Seq и ChIP-Seq

Высокопроизводительные методы секвенирования генерируют большие объемы данных и требуют устойчивых вычислительных инструментов для последующего анализа. Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы, чтобы поддержать общие рабочие процессы анализа для данных секвенирования следующего поколения (NGS), такие как фильтрация и обрезка показаний, отображение чтения с ссылками, подсчет количества чтений, сопоставленных с геномными функциями и выполнением статистического анализа.

Подсвеченные темы
  • Импорт данных
    Импорт данных секвенирования следующего поколения (NGS) и примечаний к функциям из файлов SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF и GFF
  • Предварительная обработка
    Управление данными NGS с помощью одно- и парных показаний, фильтрации и обрезки и отображения статистики качества
  • Выравнивание
    Сопоставить чтения в ссылочную последовательность (ы)
  • Статистический анализ
    Считайте обобщение и статистический анализ данных RNA-seq и ChIP-seq
  • Визуализация
    Визуализируйте выравнивание показаний в ссылочные последовательности

Рекомендуемые примеры

Identifying Differentially Expressed Genes from RNA-Seq Data

Идентификация дифференциально экспрессированных генов по данным RNA-Seq

Данные теста RNA-Seq для дифференциально экспрессированных генов с использованием отрицательной биномиальной модели.

Открыть скрипт
Exploring Protein-DNA Binding Sites from Paired-End ChIP-Seq Data

Исследование сайтов связывания белок-ДНК из парных данных ChIP-Seq

Выполните общегеномный анализ транскрипционного фактора в организме модели Arabidopsis Thaliana (Thale Cress).

Открыть скрипт
Exploring Genome-wide Differences in DNA Methylation Profiles

Исследование различий в профилях метилирования ДНК во всем геноме

Выполните общегеномный анализ метилирования ДНК у человека с помощью секвенирования генома.

Открыть скрипт
Count Features from NGS Reads

Подсчет функций из чтений NGS

Выровняйте парные считывания по всему геному человека и результирующие чтения.

Открыть скрипт

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка