Вычисление сродства зондов Affymetrix от их последовательностей и интенсивности зондов MM
[AffinPM, AffinMM]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)
[AffinPM, AffinMM, BaseProf]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)
[AffinPM, AffinMM, BaseProf, Stats]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)
... = affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity,
...'ProbeIndices', ProbeIndicesValue, ...)
... = affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity,
...'Showplot', ShowplotValue, ...)
SequenceMatrix | Матрица N -by-25 информации о последовательности для зондов идеального соответствия (PM) на Affymetrix® GeneChip® array, где N - количество зондов в массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одной из 25 позиций последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел:
Совет Вы можете использовать |
MMIntensity | Вектор-столбец, содержащий интенсивность зондирования несоответствия (MM) из файла CEL, сгенерированного из одного массива Affymetrix GeneChip. Каждая строка соответствует зонду. Совет Можно извлечь этот вектор-столбец из |
ProbeIndicesValue | Вектор-столбец, содержащая информацию индексации зонда. Зонды в наборе зондов пронумерованы с 0 по N-1, где N - количество зондов в наборе зондов. Совет Вы можете использовать |
ShowplotValue | Управляет отображением графика, показывающего значения сродства каждого из четырёх основ (A, C, G и T) для каждого из 25 положений последовательности для всех зондов массива Affymetrix GeneChip. Варианты |
AffinPM | Вектор-столбец сродства зонда PM, вычисленная из их последовательностей зонда и интенсивности зонда MM. |
AffinMM | Вектор-столбец сродства зонда MM, вычисленная из их последовательностей зонда и интенсивности зонда MM. |
BaseProf | Матрица 4 на 4, содержащая четыре параметра для полинома степени 3, для каждой основы, A, C, G и T. Каждая строка соответствует основе, и каждый столбец соответствует параметру. Эти значения оцениваются из последовательностей зондов и интенсивности и представляют все зонды массива Affymetrix GeneChip. |
Stats | Вектор-строка, содержащий четыре статистики в следующем порядке:
|
[ возвращает векторы-столбцы сродства зонда PM и вектора-столбца сродства зонда MM, вычисленные из их последовательностей зонда и интенсивности зонда MM. Каждая строка в AffinPM, AffinMM]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)AffinPM и AffinMM соответствует зонду. NaN возвращается для зондов без информации о последовательности. Каждое сродство зонда является суммой зависимых от положения аффинностей основания. Для заданного базового типа позиционный эффект моделируется как полином степени 3.
[ также оценивает коэффициенты аффинности, используя многофакторную линейную регрессию. Возвращается AffinPM, AffinMM, BaseProf]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)BaseProf, матрица 4 на 4, содержащая четыре параметра для полинома степени 3, для каждой основы, A, C, G и T. Каждая строка соответствует основе, и каждый столбец соответствует параметру. Эти значения оцениваются из последовательностей зондов и интенсивности и представляют все зонды массива Affymetrix GeneChip.
[ также возвращается AffinPM, AffinMM, BaseProf, Stats]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)Stats, вектор-строка, содержащая четыре статистики в следующем порядке:
R-квадратная статистика
Статистика F
p-значение
Отклонение ошибок
... = аффипробеаффинности вызывает (SequenceMatrix, MMIntensity... 'PropertyName', PropertyValue, ...)affyprobeaffinities с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = affyprobeaffinities( использует индексы зонда для нормализации интенсивности зонда с медианой интенсивности их набора зондов. SequenceMatrix, MMIntensity,
...'ProbeIndices', ProbeIndicesValue, ...)
Совет
Использование ProbeIndices свойство рекомендуется только в том случае, если ваше MMIntensity данные не из неспецифического эксперимента по связыванию.
... = affyprobeaffinities( управляет отображением графика сродства основы профиля зонда. Варианты SequenceMatrix, MMIntensity,
...'Showplot', ShowplotValue, ...)true или false (по умолчанию).
Этот пример показывает, как вычислить сродство зондов Affymetrix PM и MM из их последовательностей и интенсивность зондов MM.
Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные Affymetrix из исследования рака предстательной железы. Переменные в MAT-файле включают seqMatrix , матрица, содержащая информацию о последовательности для PM-зондов, mmMatrix матрица, содержащая значения интенсивности MM-зонда, и probeIndices Вектор-столбец, содержащая информацию индексации зонда.
load prostatecancerrawdataВычислите сродство зондов Affymetrix PM и MM из их последовательностей и интенсивность зондов MM, а также постройте графики значений сродства каждого из четырёх основ (A, C, G и T) для каждого из 25 положений последовательности для всех зондов массива Affymetrix GeneChip.
[apm, amm] = affyprobeaffinities(seqMatrix, mmMatrix(:,1),... 'ProbeIndices', probeIndices, 'showplot', true);
Файл prostatecerrawdata.mat, используемый в этом примере, содержит данные Best et al., 2005.
[1] Naef, F. and Magnasco, M.O. (2003). Решение загадки ярких несоответствий: маркировка и эффективное связывание в олигонуклеотидных массивах. Физический обзор E 68, 011906.
[2] Wu, Z., Irizarry, R.A., Gentleman, R., Murillo, F.M. and Spencer, F. (2004). Модельная корректировка фона для массивов экспрессии олигонуклеотидов. Журнал Американской статистической ассоциации 99 (468), 909-917.
[3] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собери, Я., Эриксон, Х.С., Георгиевич, Л., Тангрея, М.А., Duray, P.H., Gonsalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после андрогенной абляции. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.
affygcrma | affyprobeseqread | affyread | celintensityread | probelibraryinfo