affyprobeaffinities
Вычисление сродства зондов Affymetrix от их последовательностей и интенсивности зондов MM
Синтаксис
[AffinPM, AffinMM]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)
[AffinPM, AffinMM, BaseProf]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)
[AffinPM, AffinMM, BaseProf, Stats]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)
... = affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity,
...'ProbeIndices', ProbeIndicesValue, ...)
... = affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity,
...'Showplot', ShowplotValue, ...)
Входные параметры
SequenceMatrix | Матрица N -by-25 информации о последовательности для зондов идеального соответствия (PM) на Affymetrix® GeneChip® array, где N - количество зондов в массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одной из 25 позиций последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел:
Совет Вы можете использовать |
MMIntensity | Вектор-столбец, содержащий интенсивность зондирования несоответствия (MM) из файла CEL, сгенерированного из одного массива Affymetrix GeneChip. Каждая строка соответствует зонду. Совет Можно извлечь этот вектор-столбец из |
ProbeIndicesValue | Вектор-столбец, содержащая информацию индексации зонда. Зонды в наборе зондов пронумерованы с 0 по N-1, где N - количество зондов в наборе зондов. Совет Вы можете использовать |
ShowplotValue | Управляет отображением графика, показывающего значения сродства каждого из четырёх основ (A, C, G и T) для каждого из 25 положений последовательности для всех зондов массива Affymetrix GeneChip. Варианты |
Выходные аргументы
AffinPM | Вектор-столбец сродства зонда PM, вычисленная из их последовательностей зонда и интенсивности зонда MM. |
AffinMM | Вектор-столбец сродства зонда MM, вычисленная из их последовательностей зонда и интенсивности зонда MM. |
BaseProf | Матрица 4 на 4, содержащая четыре параметра для полинома степени 3, для каждой основы, A, C, G и T. Каждая строка соответствует основе, и каждый столбец соответствует параметру. Эти значения оцениваются из последовательностей зондов и интенсивности и представляют все зонды массива Affymetrix GeneChip. |
Stats | Вектор-строка, содержащий четыре статистики в следующем порядке:
|
Описание
[ возвращает векторы-столбцы сродства зонда PM и вектора-столбца сродства зонда MM, вычисленные из их последовательностей зонда и интенсивности зонда MM. Каждая строка в AffinPM, AffinMM]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)AffinPM и AffinMM соответствует зонду. NaN возвращается для зондов без информации о последовательности. Каждое сродство зонда является суммой зависимых от положения аффинностей основания. Для заданного базового типа позиционный эффект моделируется как полином степени 3.
[ также оценивает коэффициенты аффинности, используя многофакторную линейную регрессию. Возвращается AffinPM, AffinMM, BaseProf]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)BaseProf, матрица 4 на 4, содержащая четыре параметра для полинома степени 3, для каждой основы, A, C, G и T. Каждая строка соответствует основе, и каждый столбец соответствует параметру. Эти значения оцениваются из последовательностей зондов и интенсивности и представляют все зонды массива Affymetrix GeneChip.
[ также возвращается AffinPM, AffinMM, BaseProf, Stats]
= affyprobeaffinities(SequenceMatrix, MMIntensity)Stats, вектор-строка, содержащая четыре статистики в следующем порядке:
R-квадратная статистика
Статистика F
p-значение
Отклонение ошибок
... = аффипробеаффинности вызывает (SequenceMatrix, MMIntensity... 'PropertyName', PropertyValue, ...)affyprobeaffinities с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = affyprobeaffinities( использует индексы зонда для нормализации интенсивности зонда с медианой интенсивности их набора зондов. SequenceMatrix, MMIntensity,
...'ProbeIndices', ProbeIndicesValue, ...)
Совет
Использование ProbeIndices свойство рекомендуется только в том случае, если ваше MMIntensity данные не из неспецифического эксперимента по связыванию.
... = affyprobeaffinities( управляет отображением графика сродства основы профиля зонда. Варианты SequenceMatrix, MMIntensity,
...'Showplot', ShowplotValue, ...)true или false (по умолчанию).
Примеры
Вычислите Аффиметрические сродства зонда
Этот пример показывает, как вычислить сродство зондов Affymetrix PM и MM из их последовательностей и интенсивность зондов MM.
Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные Affymetrix из исследования рака предстательной железы. Переменные в MAT-файле включают seqMatrix , матрица, содержащая информацию о последовательности для PM-зондов, mmMatrix матрица, содержащая значения интенсивности MM-зонда, и probeIndices Вектор-столбец, содержащая информацию индексации зонда.
load prostatecancerrawdataВычислите сродство зондов Affymetrix PM и MM из их последовательностей и интенсивность зондов MM, а также постройте графики значений сродства каждого из четырёх основ (A, C, G и T) для каждого из 25 положений последовательности для всех зондов массива Affymetrix GeneChip.
[apm, amm] = affyprobeaffinities(seqMatrix, mmMatrix(:,1),... 'ProbeIndices', probeIndices, 'showplot', true);
Файл prostatecerrawdata.mat, используемый в этом примере, содержит данные Best et al., 2005.
Ссылки
[1] Naef, F. and Magnasco, M.O. (2003). Решение загадки ярких несоответствий: маркировка и эффективное связывание в олигонуклеотидных массивах. Физический обзор E 68, 011906.
[2] Wu, Z., Irizarry, R.A., Gentleman, R., Murillo, F.M. and Spencer, F. (2004). Модельная корректировка фона для массивов экспрессии олигонуклеотидов. Журнал Американской статистической ассоциации 99 (468), 909-917.
[3] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собери, Я., Эриксон, Х.С., Георгиевич, Л., Тангрея, М.А., Duray, P.H., Gonsalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после андрогенной абляции. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.
См. также
affygcrma | affyprobeseqread | affyread | celintensityread | probelibraryinfo