Выполните процедуру GC Robust Multi-array Average (GCRMA) на данных уровня зонда микромассива Affymetrix
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile)
Expression = affygcrma(ProbeStructure, Seq)
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile,
...'CELPath', CELPathValue, ...)
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile,
...'SeqPath', SeqPathValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'ChipIndex', ChipIndexValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'OpticalCorr', OpticalCorrValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'CorrConst', CorrConstValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'Method', MethodValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'TuningParam', TuningParamValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'GSBCorr', GSBCorrValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'Median', MedianValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'Output', OutputValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'Showplot', ShowplotValue, ...)
Expression = affygcrma(...,
'Verbose', VerboseValue, ...)
CELFiles | Любое из следующих:
|
CDFFile | Одно из следующих:
|
SeqFile | Одно из следующих:
|
Seq | Матрица N -by-25 информации о последовательности, такой как возвращенная |
ProbeStructure | Структура MATLAB, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивность зондирования, индексы зондов и идентификаторы набора зондов, возвращенные |
CELPathValue | Вектор символов или строка, указывающая путь и папку, где файлы, указанные в |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, указывающая путь и папку, в которой находится файл, указанный в |
SeqPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку где |
ChipIndexValue | Положительное целое число, определяющее чип. Информация о последовательности этого чипа и данные о интенсивности зонда несовпадения используются для вычисления сходимости зонда. По умолчанию это |
OpticalCorrValue | Управляет использованием оптической коррекции фона на входных значениях интенсивности зонда. Варианты |
CorrConstValue | Значение, которое задает константу корреляции, rho, для интенсивности фона журнала для каждой пары зондов PM/MM. Варианты являются любым значением |
MethodValue | Вектор символов или строка, которая задает метод для оценки сигнала. Варианты |
TuningParamValue | Значение, которое задает параметр настройки, используемый методом оценки. Эта настройка наборов параметров нижнюю границу значений сигналов с положительной вероятностью. Выбор является положительным значением. По умолчанию это Совет Для получения информации об определении настройки для этого параметра см. Wu et al., 2004. |
GSBCorrValue | Определяет, выполнять ли коррекцию геноспецифического связывания (GSB) с помощью данных о сродстве зондов. Варианты |
MedianValue | Задает использование медианы ранжированных значений вместо среднего для нормализации. Варианты |
OutputValue | Задает шкалу возвращенных значений экспрессии генов. Варианты:
В последнем случае данные преобразуются как определено функцией |
ShowplotValue | Управляет отображением графика, показывающего логарифмический параметр 2 значений интенсивности зонда несоответствия (MM) от заданного файла микросхемы (CEL) по сравнению с сродством зонда MM этого чипа. На графике также показан подгонка для вычисления данных NSB указанного чипа. Варианты
|
VerboseValue | Управляет отображением состояния чтения файлов и обработки GCRMA. Варианты |
Expression | Объект DataMatrix, содержащий значения экспрессии гена log2, которые были скорректированы, нормированы и суммированы с использованием процедуры GC Robust Multi-array Average (GCRMA). Каждая строка в |
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile)Expressionобъект DataMatrix, содержащий значения экспрессии генов на основе log2 в матрице, идентификаторы набора зондов в виде имен строк и имена файлов CEL в виде имен столбцов. Обратите внимание, что каждая строка в Expression соответствует гену (набору зондов), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельного чипа. Все чипы должны быть одного типа.)
CELFiles - вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов, содержащий имена файлов CEL. CDFFile - вектор символов или строка, задающая имя CDF-файла. Если вы задаете CELFiles на '*'затем считываются все файлы CEL в текущей папке. Если вы задаете CELFiles или CDFFile на ' ', затем он открывает диалоговое окно Выборов файлов, из которого вы выбираете файлы CEL или CDF-файл. В этом диалоговом окне можно нажать и удерживать Ctrl или Shift при щелчке мыши, чтобы выбрать несколько файлов CEL. SeqFile - файл или матрица, содержащая информацию о последовательности для зондов для определенного типа массива Affymetrix GeneChip.
Примечание
Для получения дополнительной информации о чтении файлов и обработке GCRMA, смотрите celintensityread, affyprobeseqread, affyprobeaffinities, gcrma, gcrmabackadj, quantilenorm, и rmasummary.
Expression = affygcrma(ProbeStructure, Seq)ProbeStructure. ProbeStructure - структура MATLAB, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивность зондирования, индексы зондов и идентификаторы набора зондов, возвращенные celintensityread функция. Seq - матрица, содержащая информацию о последовательности для зондов на определенном типе массива Affymetrix GeneChip.
Expression = affygcrma (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)affygcrma с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает путь и папку, в которой заданы файлы Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile,
...'CELPath', CELPathValue, ...)CELFiles хранятся.
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile сохранен.
Expression = affygcrma(CELFiles, CDFFile, SeqFile,
...'SeqPath', SeqPathValue, ...)SeqFile сохранен.
Expression = affygcrma(...,
'ChipIndex', ChipIndexValue, ...)ChipIndexValue. Значения по умолчанию ChipIndexValue является 1.
Expression = affygcrma(...,
'OpticalCorr', OpticalCorrValue, ...)true (по умолчанию) или false.
Expression = affygcrma(...,
'CorrConst', CorrConstValue, ...)≥ 0 и ≤ 1. По умолчанию это 0.7.
Expression = affygcrma(...,
'Method', MethodValue, ...)'MLE', более быстрый, специальный метод оценки максимальных вероятностей или 'EB', более медленный, формальный, эмпирический метод Байеса. По умолчанию это 'MLE'.
Expression = affygcrma(...,
'TuningParam', TuningParamValue, ...)5 (MLE) или 0.5 (EB).
Совет
Для получения информации об определении настройки для этого параметра см. Wu et al., 2004.
Expression = affygcrma(...,
'GSBCorr', GSBCorrValue, ...)true (по умолчанию) или false. Если нет информации о сродстве зонда, это свойство игнорируется.
Expression = affygcrma(...,
'Median', MedianValue, ...)true или false (по умолчанию).
Expression = affygcrma(...,
'Output', OutputValue, ...)OutputValue могут быть:
'log'
'log2'
'log10'
'linear'
functionname
В последнем случае данные преобразуются как определено функцией functionname. По умолчанию это 'log2'.
Expression = affygcrma(...,
'Showplot', ShowplotValue, ...)true, false, или I, целое число, задающее чип. Если установлено значение trueпервый чип нанесен на график. По умолчанию это:
false - Когда заданы возвращаемые значения.
true - Когда значения возврата не заданы.
Expression = affygcrma(...,
'Verbose', VerboseValue, ...)true (по умолчанию) или false.
Следующий пример предполагает, что у вас есть HG_U95Av2.CDF файл библиотеки, хранящийся в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome, и что ваша текущая папка указывает на расположение, содержащее файлы CEL и файл последовательности, сопоставленный с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере, affygcrma функция считывает все файлы CEL и файл последовательности в текущей папке и CDF-файл в указанной папке. Он также выполняет настройку фона GCRMA, нормализацию квантиля и процедуры суммирования на значениях интенсивности зонда PM и возвращает объект DataMatrix, содержащий метаданные и обработанные данные.
Expression = affygcrma('*', 'HG_U95Av2.CDF','HG-U95Av2_probe_tab',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
[1] Naef, F. and Magnasco, M.O. (2003). Решение загадки ярких несоответствий: маркировка и эффективное связывание в олигонуклеотидных массивах. Физический обзор E 68, 011906.
[2] Wu, Z., Irizarry, R.A., Gentleman, R., Murillo, F.M., and Spencer, F. (2004). Модельная корректировка фона для массивов экспрессии олигонуклеотидов. Журнал Американской статистической ассоциации 99 (468), 909-917.
[3] Wu, Z., and Irizarry, R.A. (2005). Стохастические модели, вдохновленные теорией гибридизации для коротких олигонуклеотидных массивов. Материалы RECOMB 2004. J Comput Biol. 12 (6), 882-93.
[4] Wu, Z., and Irizarry, R.A. (2005). Статистическая среда для анализа данных уровня зонда микромассивов. Университет Джона Хопкинса, рабочие документы по биостатистике 73.
[5] Wu, Z., and Irizarry, R.A. (2003). Модельная корректировка фона для массивов экспрессии олигонуклеотидов. Семинар RSS по экспрессии генов, Уай, Англия, http://biosun01.biostat.jhsph.edu/%7Eririzarr/Talks/gctalk.pdf.
[6] Скорость, Т. (2006). Фоновые модели и GCRMA. Лекция 10, Статистика 246, Калифорнийский университет в Беркли.
[7] Abd Rabbo, N.A., and Barakat, H.M. (1979). Оценочные задачи при двухмерном логнормальном распределении. Индиец J. Pure Appl. Math 10 (7), 815-825.
[8] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собери, Я., Эриксон, Х.С., Георгиевич, Л., Тангрея, М.А., Duray, P.H., Gonsalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после андрогенной абляции. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.
[9] Irizarry, R.A., Hobbs, B., Collin, F., Beazer-Barclay, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., Speed, T.P. (2003). Исследования, нормализация и сводные данные данных уровня зонда олигонуклеотидного массива высокой плотности. Биостатистика. 4, 249–264.
[10] Mosteller, F. and Tukey, J. (1977). Анализ и регрессия данных (Reading, Massachusetts: Addison-Wesley Publishing Company), стр. 165-202.
affyprobeaffinities | affyprobeseqread | affyrma | celintensityread | gcrma | gcrmabackadj | mafdr | mattest | quantilenorm | rmasummary