probelibraryinfo

Составьте таблицу сведений о библиотеке набора зондов

Синтаксис

ProbeInfo = probelibraryinfo(CELStruct, CDFStruct)

Входные параметры

`CELStruct`	Структура, созданная `affyread` функция от Affymetrix^® Файл CEL.
`CDFStruct`	Структура, созданная `affyread` функция из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL.

Выходные аргументы

ProbeInfo

Трехколоночная матрица с одинаковым числом строк, как и Probes поле CELStruct.

Столбец 1 - Идентификатор/имя набора зондов, к которому относится зонд. (Зонды, которые не относятся к набору зондов в файле библиотеки CDF, имеют идентификатор/имя набора зондов, равный 0.)
Столбец 2 - Содержит номер пары зондов.
Столбец 3 - Указывает, является ли зонд идеальным соответствием (1) или несоответствие (-1) зонд.

Описание

ProbeInfo = probelibraryinfo(CELStruct, CDFStruct) создает таблицу информации, связывающую данные зонда из CELStruct, структура, созданная из файла Affymetrix CEL, с информацией о наборе зондов от CDFStruct, структура, созданная из файла CDF Affymetrix.

Примечание

Индексация пары зондов Affymetrix 0-based, while MATLAB^® индексация программного обеспечения 1-основанный. Выходы probelibraryinfo является 1-основанный.

Примеры

свернуть все

Получение сведений о библиотеке набора зондов

Открыть скрипт

В этом примере показано, как извлечь информацию о библиотеке набора зондов из данных микромассивов Affymetrix ® GeneChip ®.

Этот пример использует выборочные данные из массива генома E. coli Antisense. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью Data Transfer Tool.

Вам также нужно скачать Ecoli_ASv2.CDF файл библиотеки для массива генома E. coli Antisense. Возможно, у вас уже есть эти файлы, если на вашем компьютере установлено программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и разархивировав zip-файл E. coli Antisense Genome Array.

Чтение содержимого файла CEL в структуру MATLAB.

celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');

Чтение содержимого CDF-файла в структуру MATLAB.

cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');

Извлечение информации о библиотеке набора зондов.

probeInfo = probelibraryinfo(celStruct, cdfStruct);

Определите набор зондов, к которому принадлежит 1104-й зонд.

cdfStruct.ProbeSets(probeInfo(1104,1)).Name

ans =

    'thrA_b0002_at'

См. также

Документация