Считайте файл данных, содержащий информацию о последовательности зондов для массива Affymetrix GeneChip
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile)
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqPath', SeqPathValue, ...)
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqOnly', SeqOnlyValue, ...)
SeqFile | Вектор символов или строка, задающая имя файла последовательности (разделенный табуляцией или FASTA), который содержит следующую информацию для определенного типа Affymetrix® GeneChip® массив:
Файл последовательности (разделенный табуляцией или FASTA) должен находиться в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке (если вы не используете |
CDFFile | Одно из следующих:
Внимание Убедитесь, что |
SeqPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку где SeqFile сохранен. |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку где CDFFile сохранен. |
SeqOnlyValue | Управляет возвратом структуры, Struct, только с одним полем, SequenceMatrix. Варианты true или false (по умолчанию). |
Struct | Структура MATLAB, содержащая следующие поля:
|
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile)SeqFile и CDFFile, и сохраняет данные в структуре MATLAB Struct, который содержит следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
ProbeSetIDs | Массив ячеек, содержащий идентификаторы набора зондов из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащая информацию индексации зонда. Зонды в наборе зондов пронумерованы с 0 по N-1, где N - количество зондов в наборе зондов. |
SequenceMatrix | Матрица N -by-25 информации о последовательности для зондов идеального соответствия (PM) в массиве Affymetrix GeneChip, где N количество зондов в массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одной из 25 позиций последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел:
Примечание Зонды без информации о последовательности представлены в Совет Вы можете использовать |
Struct = affyprobeseqread (SeqFile, CDFFile... 'PropertyName', PropertyValue, ...)affyprobeseqread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
позволяет вам задать путь и папку, где Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqPath', SeqPathValue, ...)SeqFile сохранен.
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile сохранен.
Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile,
...'SeqOnly', SeqOnlyValue, ...)Struct, только с одним полем, SequenceMatrix. Варианты true или false (по умолчанию).
Считайте данные из файла FASTA и связанного файла библиотеки CDF, если оба находятся в пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке.
S1 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_fasta', 'HG_U95A.CDF');
Считайте данные из файла, разделенного табуляцией, и связанной структуры CDF, предположим, что файл, разделенный табуляцией, расположен в указанной папке, а структура CDF находится в вашем Рабочем пространстве MATLAB.
S2 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_tab',hgu95aCDFStruct,...
'seqpath','C:\Affymetrix\SequenceFiles\HGGenome');
Доступ к нуклеотидным последовательностям первого набора зондов (строки с 1 по 20) в SequenceMatrix поле S2 структура.
seq = int2nt(S2.SequenceMatrix(1:20,:))
affygcrma | affyinvarsetnorm | affyread | celintensityread | int2nt | probelibraryinfo | probesetlink | probesetlookup | probesetplot | probesetvalues