Exponenta Banner

sampleNames

Класс: bioma.data.ExptData
Пакет: bioma.data

Извлечение или задание имен выборок в объекте ExptData

Синтаксис

SamNames = sampleNames(EDObj)
SamNames = sampleNames(EDObj, Subset)
NewEDObj = sampleNames(EDObj, Subset, NewSamNames)

Описание

SamNames = sampleNames(EDObj) возвращает массив ячеек из векторов символов, задающий все имена выборок в объекте ExptData.

SamNames = sampleNames(EDObj, Subset) возвращает массив ячеек из векторов символов, задающий подмножество имен выборок в объекте ExptData.

NewEDObj = sampleNames(EDObj, Subset, NewSamNames) заменяет имена выборок, заданные как Subset в EDObj, объект ExptData с NewSamNames, и возвращает NewEDObj, новый объект ExptData.

Входные параметры

EDObj

Объект bioma.data.ExptData класс.

Subset

Одно из следующих значений для задания подмножества имен выборок в объекте ExptData:

  • Вектор символов, задающий имя выборки

  • Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена выборок

  • Положительное целое число

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

NewSamNames

Новые имена выборок для определенных имен выборок в объекте ExptData, заданные одним из следующих:

  • Числовой вектор

  • Вектор символов или массив ячеек из векторов символов

  • Вектор символов, который sampleNames использует в качестве префикса для имен выборок с номерами образцов, добавленными к префиксу

  • Логический true или false (по умолчанию). Если true, sampleNames присваивает уникальные имена выборок с помощью формата Sample1, Sample2, и т.д.

Количество имен образцов в NewSamNames должно равняться количеству выборок, заданному в Subset.

Выходные аргументы

SamNames

Массив ячеек из символьных векторов, задающий все или некоторые имена выборок в объекте ExptData. Выборками имен являются имена столбцов в объектах DataMatrix объекта ExptData.

NewEDObj

Объект bioma.data.ExptData класс, возвращенный после замены определенных имен выборок.

Примеры

Создайте объект ExptData, а затем получите из него имена выборок:

% Import bioma.data package to make constructor functions
% available
import bioma.data.*
% Create DataMatrix object from .txt file containing 
% expression values from microarray experiment
dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');
% Construct ExptData object
EDObj = ExptData(dmObj);
% Retrieve sample names
SNames = sampleNames(EDObj);

См. также

| | | |

Темы

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка