Можно использовать объект ExptData для хранения значений выражений из эксперимента с микромассивами. Объект ExprData хранит значения данных в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый из которых имеет одинаковые имена строк (функции) и имена столбцов (выборки). Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExptData имеет имя элемента.
Следующий рисунок иллюстрирует небольшой объект DataMatrix, содержащий значения выражения из трех выборок (столбцов) и семи функций (строк):
A B C
100001_at 2.26 20.14 31.66
100002_at 158.86 236.25 206.27
100003_at 68.11 105.45 82.92
100004_at 74.32 96.68 84.87
100005_at 75.05 53.17 57.94
100006_at 80.36 42.89 77.21
100007_at 216.64 191.32 219.48Объект ExptData позволяет хранить, управлять и подставлять значения данных из микромассива эксперимента. Объект ExptData включает свойства и методы, которые позволяют вам получить доступ, извлечь и изменить значения данных из микромассива эксперимента. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных. Список свойств и методов см. в разделе Класс ExptData.
The mouseExprsData.txt файл, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta et al., 2005.
Импортируйте bioma.data упаковать так, чтобы DataMatrix и ExptData функции конструктора доступны.
import bioma.data.*
Используйте DataMatrix функция конструктора для создания объекта DataMatrix из данных экспрессии генов в mouseExprsData.txt файл. Этот файл содержит таблицу значений выражений и метаданных (выборка и имена функций) из эксперимента с микромассивами, проведенного с использованием Affymetrix® MGU74Av2 GeneChip® массив. Существует 26 имен выборок (A через Z) и 500 имен функций (имена наборов зондов).
dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');Используйте ExptData функция конструктора для создания объекта ExptData из объекта DataMatrix.
EDObj = ExptData(dmObj);
Отображение информации об объекте ExptData, EDObj.
EDObj Experiment Data: 500 features, 26 samples 1 elements Element names: Elmt1
Примечание
Полную информацию о построении объектов ExptData см. в классе ExptData.
Для доступа к свойствам объекта ExptData используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Для примера, чтобы определить количество элементов (объектов DataMatrix) в объекте ExptData:
EDObj.NElements
ans =
1Чтобы задать свойства объекта ExptData, используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname = propertyvalue
Для примера установите Name свойство объекта ExptData:
EDObj.Name = 'MyExptDataObject'
Примечание
Имена свойства учитываются в регистре. Список и описание всех свойств объекта ExptData см. в классе ExptData.
Чтобы использовать методы объекта ExptData, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Для примера, чтобы получить имена выборки из объекта ExptData:
EDObj.sampleNames
Columns 1 through 9
'A' 'B' 'C' 'D' 'E' 'F' 'G' 'H' 'I' ...Чтобы вернуть размер объекта ExptData:
size(EDObj) ans = 500 26
Примечание
Полный список методов объекта ExptData см. в классе ExptData.
[1] Hovatta, I., Tennant, R S., Helton, R. et al. (2005). Глиоксалаза 1 и глутатионредуктаза 1 регулируют беспокойство у мышей. Природа 438, 662-666.