Exponenta Banner

bioma.data.ExptData class

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержащие значения данных из эксперимента с микромассивами

развернуть все на странице

Описание

Класс ExptData разработан, чтобы содержать значения данных, такие как значения экспрессии генов, из эксперимента с микромассивами. Значения данных хранятся в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый из которых имеет одинаковые имена строк (функции) и имена столбцов (выборки). Он предоставляет удобный способ хранения связанных данных эксперимента в одной структуре данных (объекте). Это также позволяет управлять и подставлять данные.

Класс ExptData включает свойства и методы, которые позволяют вам получить доступ, извлечь и изменить значения данных из микромассива эксперимента. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных.

Конструкция

EDobj = bioma.data.ExptData(Data1, Data2, ...) создает объект ExptData из одной или нескольких матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., {DMobj1, Name1}, {DMobj2, Name2}, ...) задает имя элемента для каждого объекта DataMatrix. Name# - вектор символов или строка, задающая уникальное имя. Имена по умолчанию Elmt1, Elmt2, и т.д.

EDobj = bioma.data.ExptData({Data1, Data2, ...}) создает объект ExptData из массива ячеек из матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, заданных как имя свойства/property значением пар.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'ElementNames', ElementNamesValue) задает имена элементов для матричных входов. ElementNamesValue - массив ячеек из векторов символов или строкового вектора. Имена по умолчанию Elmt1, Elmt2, и т.д.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'FeatureNames', FeatureNamesValue) задает имена функций (имена строк) для объекта ExptData.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'SampleNames', SampleNamesValue) задает имена выборок (имена столбцов) для объекта ExptData.

Входные параметры

Data#

Матрица экспериментальных значений данных, заданная любым из следующих:

Все входы должны иметь одинаковые размерности. Все объекты DataMatrix должны также иметь одинаковые имена строк и столбцов. Если вы предоставляете логические или числовые матрицы, bioma.data.ExptData преобразует их в объекты DataMatrix с именами строк и столбцов по умолчанию или с именами строк и столбцов входов DataMatrix, если они заданы.

Строки должны соответствовать функциям, а столбцы должны соответствовать выборкам.

DMobj#

Имя переменной объекта DataMatrix в Рабочем пространстве MATLAB.

Name#

Вектор символов или строка, задающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix

ElementNamesValue

Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора, который задает уникальные имена элементов для входных входов матрицы. Количество элементов в ElementNamesValue должно равняться числу входных матриц.

По умолчанию: {Elmt1, Elmt2, ...}

FeatureNamesValue

Имена функций (имена строк) для объекта ExptData, заданные одним из следующих:

  • Массив ячеек из символьных векторов

  • Символьный массив

  • Строковый вектор

  • Числовой или логический вектор

  • Вектор символов, которая используется в качестве префикса для имен функций с номерами функций, добавленными к префиксу

  • Логический true или false (по умолчанию). Если true, bioma.data.ExptData присваивает уникальные имена функций с помощью формата Feature1, Feature2, и т.д.

Если вы используете массив ячеек из векторов символов, символьного массива, строкового вектора, числового или логического вектора, то количество элементов должно быть равно количеству строк в Data1.

SampleNamesValue

Выборки имен (имен столбцов) для объекта ExptData, заданные одним из следующих:

  • Массив ячеек из символьных векторов

  • Символьный массив

  • Строковый вектор

  • Числовой или логический вектор

  • Вектор символов, которая используется в качестве префикса для имен выборок с номерами образцов, добавленными к префиксу

  • Логический true или false (по умолчанию). Если true, bioma.data.ExptData присваивает уникальные имена выборок с помощью формата Sample1, Sample2, и т.д.

Если вы используете массив ячеек из векторов символов, символьного массива, строкового вектора, числового или логического вектора, то количество элементов должно быть равно количеству столбцов в Data1. Если объект ExptData является частью объекта ExpressionSet, содержащего объект MetaData, имена выборок (имена столбцов) в объекте ExptData должны совпадать с именами выборок (именами строк) в объекте MetaData.

Свойства

ElementClass

Тип класса объектов DataMatrix в эксперименте

Массив ячеек из символьных векторов, задающий тип класса каждого объекта DataMatrix в объекте ExptData. Возможными значениями являются MATLAB® классы, такие как single, double, и logical. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Name

Имя объекта ExptData.

Вектор символов, задающий имя объекта ExptData. По умолчанию это [].

NElements

Количество элементов в эксперименте

Положительное целое число, определяющее количество элементов (объектов DataMatrix) в данных эксперимента. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NFeatures

Количество функций в эксперименте

Положительное целое число, определяющее количество функций в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NSamples

Количество выборок в эксперименте

Положительное целое число, определяющее количество выборок в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Методы

объединитьсяОбъедините два объекта ExptData
dmNamesИзвлечение или установка Name свойства объектов DataMatrix в объекте ExptData
elementDataИзвлечение или установка элемента данных (объекта DataMatrix) в объекте ExptData
elementNamesИзвлечение или задание имен элементов объектов DataMatrix в объекте ExptData
featureNamesИзвлечение или задание имен функций в объекте ExptData
isemptyОпределите, пуст ли объект ExptData
sampleNamesИзвлечение или задание имен выборок в объекте ExptData
размерРазмер возврата объекта ExptData

Иерархия образцов

Объект ExpressionSet содержит объект ExptData. Объект ExptData содержит один или несколько объектов DataMatrix.

Признаки

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. «Атрибуты класса».

Копировать семантику

Значение. Чтобы узнать, как это влияет на использование класса, см. раздел «Копирование объектов».

Индексация

Объекты ExptData поддерживают индексацию 1-D круглыми скобками () для извлечения, назначения и удаления данных.

Объекты ExptData не поддерживают:

  • Точка. индексация

  • Фигурная скобка {} индексация

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

В этом примере показано, как создать объект ExptData, содержащий один объект DataMatrix.

Импортируйте пакет bioma.data, чтобы сделать функции конструктора доступными.

import bioma.data.*

Создайте объект DataMatrix из файла .txt, содержащего значения выражений из эксперимента с микромассивами.

dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');

Создайте объект ExptData из объекта DataMatrix.

EDObj = ExptData(dmObj)
EDObj = 
Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Ссылки

[1] Hovatta, I., Tennant, R S., Helton, R. et al. (2005). Глиоксалаза 1 и глутатионредуктаза 1 регулируют беспокойство у мышей. Природа 438, 662-666.

См. также

| | | |

Темы

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка