DataMatrix

Создайте объект DataMatrix

Синтаксис

DMobj = DataMatrix(Matrix)
DMobj = DataMatrix(Matrix, RowNames, ColumnNames)
DMobj = DataMatrix('File', FileName)
DMobj = DataMatrix(..., 'RowNames', RowNamesValue, ...)
DMobj = DataMatrix(..., 'ColNames', ColNamesValue, ...)
DMobj = DataMatrix(..., 'Name', NameValue, ...)
DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'Delimiter', DelimiterValue, ...)
DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'HLine', HLineValue, ...)
DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'Rows', RowsValue, ...)
DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'Columns', ColumnsValue, ...)

Аргументы

Matrix

Двумерный числовой или логический массив.

RowNames

Имена строк для объекта DataMatrix, заданные числовым вектором, символьным массивом, строковым вектором или массивом ячеек векторов символов, элементы которых равны по количеству строк в Matrix. RowNames обычно являются именами генов или идентификаторами зондов из эксперимента с микромассивами.

Примечание

Имена строк не должны быть уникальными.

ColumnNames

Имена столбцов для объекта DataMatrix, заданные числовым вектором, символьным массивом, строковым вектором или массивом ячеек векторов символов, элементы которых равны по количеству столбцов в Matrix. ColumnNames обычно являются идентификаторами образцов из эксперимента с микромассивами.

Примечание

Имена столбцов не должны быть уникальными.

FileName

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла TXT или XLS с разделителем табуляций, который содержит табличные данные и метаданные.

Примечание

Как правило, первая строка таблицы содержит имена столбцов, первый столбец содержит имена строк, а числовые данные начинаются с 2,2 положение. DataMatrix функция определяет, не содержит ли первый столбец имен строк, и считывает данные из первого столбца. Однако, если первая строка не содержит текст заголовка (имена столбцов), установите HLine свойство к 0.

RowNamesValue, ColNamesValue

Имена строк или столбцов для объекта DataMatrix. Варианты:

  • Числовой вектор, символьный массив, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, элементы которого равны по количеству строк или количеству столбцов числовых данных в входе матрице.

  • Вектор символов или строка, которая используется в качестве префикса для имен строк или столбцов. Номера будут добавлены к префиксу.

  • true - Уникальные имена строк или столбцов будут назначаться с помощью форматов row1, row2, row3, и т.д., или col1, col2, col3, и т.д.

  • false - По умолчанию. Имена строк или столбцов не назначены.

Примечание

Имена строк или столбцов не должны быть уникальными.

NameValue

Вектор символов или строка, задающая имя для объекта DataMatrix. По умолчанию это ''.

DelimiterValue

Вектор символов или строка, задающая символ разделителя для использования в входном файле. Типичными вариантами являются:

  • ' '

  • '\t' (по умолчанию)

  • ','

  • ';'

  • '|'

HLineValue

Положительное целое число, которое определяет, какая строка входного файла содержит текст заголовка столбца (имена столбцов). По умолчанию это 1.

При создании объекта DataMatrix DMobj, DataMatrix функция загружает данные из (HLineValue + 1) в конец файла.

Совет

Если входной файл не содержит текст заголовка столбца (имена столбцов), задайте HLineValue на 0.

RowsValue, ColumnsValue

Подмножество строк или столбцов в File, для DataMatrix функция для создания объекта DataMatrix. Варианты:

  • Массив ячеек из символьных векторов

  • Символьный массив

  • Строковый вектор

  • Числовой или логический вектор

Описание

Объект DataMatrix инкапсулирует данные измерений и метаданные функций из эксперимента с микромассивами, чтобы его можно было индексировать по именам генов или идентификаторам зондов и по идентификаторам выборок. Для примеров создания и использования объектов DataMatrix смотрите Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix.

Примечание

Функция конструктора DataMatrix является частью пакета объектов микромассивов. Чтобы сделать его доступным, введите следующее в MATLAB® командная строка:

import bioma.data.*

В противном случае используйте bioma.data.DataMatrix вместо DataMatrix, в следующих синтаксисах.

DMobj = DataMatrix(Matrix) создает объект DataMatrix, DMobj, от Matrix, двумерный числовой или логический массив. Matrix может также быть объектом DataMatrix.

DMobj = DataMatrix(Matrix, RowNames, ColumnNames) создает объект DataMatrix, DMobj, от Matrix, двумерный числовой или логический массив с именами строк и столбцами, заданными RowNames и ColumnNames. RowNames и ColumnNames может быть числовым вектором, символьным массивом, строковым вектором или массивом ячеек векторов символов, элементы которых равны по числу количеству строк и количеству столбцов, соответственно, в Matrix. RowNames обычно являются именами генов или идентификаторами зондов, в то время как ColumnNames обычно являются идентификаторами образцов.

Примечание

Имена строк или столбцов не должны быть уникальными.

DMobj = DataMatrix('File', FileName) создает объект DataMatrix, DMobj, от FileName, вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла TXT или XLS с разделителем табуляций, который содержит табличные данные и метаданные.

Примечание

Как правило, первая строка таблицы содержит имена столбцов, первый столбец содержит имена строк, а числовые данные начинаются с 2,2 положение. DataMatrix функция определяет, не содержит ли первый столбец имен строк, и считывает данные из первого столбца. Однако, если первая строка не содержит текст заголовка (имена столбцов), установите HLine свойство к 0.

DMobj = DataMatrix (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает DataMatrix с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

DMobj = DataMatrix(..., 'RowNames', RowNamesValue, ...) задает имена строк для DMobj. RowNamesValue может быть любым из следующих:

  • Числовой вектор, символьный массив, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, элементы которого равны по числу количеству строк числовых данных в входе матрице.

  • Вектор символов или строка, которая используется в качестве префикса для имен строк. Номера строк будут добавлены к префиксу.

  • true - Уникальные имена строк будут назначаться в формате row1, row2, row3, и т.д.

  • false - По умолчанию. Имена строк не назначены.

Примечание

Имена строк не должны быть уникальными.

DMobj = DataMatrix(..., 'ColNames', ColNamesValue, ...) задает имена столбцов для DMobj. ColNamesValue может быть любым из следующих:

  • Числовой вектор, массив символов, строки вектор или массив ячеек с векторами символов, элементы которого равны по числу количеству столбцов числовых данных в входе матрице.

  • Вектор символов или строка, которая используется в качестве префикса для имен столбцов. Номера столбцов будут добавлены к префиксу.

  • true - Уникальные имена столбцов будут назначаться в формате col1, col2, col3, и т.д.

  • false - По умолчанию. Имена столбцов не присваиваются.

Примечание

Имена столбцов не должны быть уникальными.

DMobj = DataMatrix(..., 'Name', NameValue, ...) задает имя для DMobj. По умолчанию это ''.

DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'Delimiter', DelimiterValue, ...) задает символ разделителя для использования в вход файле. Типичными вариантами являются:

  • ' '

  • '\t' (по умолчанию)

  • ','

  • ';'

  • '|'

DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'HLine', HLineValue, ...) задает строку входного файла, содержащую текст заголовка столбца (имена столбцов). HLineValue является положительным целым числом. По умолчанию это 1. При создании объекта DataMatrix DMobj, DataMatrix функция загружает данные из (HLineValue + 1) в конец файла.

Совет

Если входной файл не содержит текст заголовка столбца (имена столбцов), задайте HLineValue на 0.

DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'Rows', RowsValue, ...) задает подмножество имен строк в File для DataMatrix функция, используемая для создания DMobj. RowsValue может быть массивом ячеек из векторов символов, символьным массивом, строковым вектором или числовым или логическим вектором.

DMobj = DataMatrix('File', FileName, ...'Columns', ColumnsValue, ...) задает подмножество имен столбцов в File для DataMatrix функция, используемая для создания DMobj. ColumnsValue может быть массивом ячеек из векторов символов, строкового вектора, символьного массива, числового или логического вектора.

Примеры

Для примеров создания и использования объектов DataMatrix смотрите Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix.

См. также

| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |

Темы

Введенный в R2008b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте