Создайте набор файлов индекса для генома дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с тулбоксом.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса успешно, функция возвращается 0 и создает файлы индексов (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Иногда файлы индекса существуют, и вы хотите знать ссылочную последовательность, используемую для построения индекса. В этом случае используйте bowtie2inspect функция для получения дополнительной информации об ссылке.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию файл выхода Dmel_chr4_retrieved.fa содержит последовательность ссылки. Можно также получить сводную информацию о имени ссылки и длинах вместо фактической последовательности. Для получения дополнительной информации о доступных опциях смотрите Bowtie2InspectOptions.

Когда индекс будет готов, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой с помощью bowtie2 функция. Файлы чтения парного конца (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже поставляются с тулбоксом.

bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam');

Выходы являются файлом в формате SAM, который содержит результаты отображения.

Можно задать различные опции выравнивания, передав синтаксическую строку Bowtie 2 или используя Bowtie2AlignOptions объект.

Предположим, что вы хотите отсечь некоторые остатки от 3' заканчивается перед выравниванием. Во-первых, создайте Bowtie2AlignOptions объект.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрезка четырех остатков из 3' заканчивается перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Чтение карты на ссылку с помощью заданной опции выравнивания.

flag = bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam',alignOpt);