Получите информацию о ссылочной последовательности, используемой для создания соответствующих файлов индекса, используя bowtie2inspect. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию файл выхода Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой для построения индекса.

Можно также получить сводную информацию о имени ссылки и длинах вместо фактической последовательности.

Создайте объект опции.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Установите Summary свойство к true.

inspectOpt.Summary = true;

Еще раз запустите функцию с помощью заданной опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary.fa',inspectOpt);

Если проверка индекса выполнена успешно, функция возвращается 0и теперь файл выхода содержит сводную информацию о последовательности ссылки.

Также можно передать синтаксическую строку Bowtie 2 вместо использования объекта опция.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary2.fa','-s');