Создайте набор файлов индекса для генома дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с тулбоксом.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса успешно, функция возвращается 0 и создает файлы индексов (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Можно задать различные опции при помощи Bowtie2BuildOptions объект или путем передачи синтаксической строки Bowtie 2. Например, можно задать, форсировать ли создание большого индекса, даже если ссылка составляет менее четырех миллиардов нуклеотидов, как показано ниже.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Установите ForceLargeIndex опция true.

buildOpt.ForceLargeIndex = true;

Создайте файлы индекса с помощью заданной опции.

bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large',buildOpt);

Также можно передать синтаксическую строку Bowtie 2.

flag = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large2','--large-index');