Bowtie2InspectOptions

Содержит опции для просмотра файлов индекса Bowtie 2

развернуть все на странице

Описание

A Bowtie2InspectOptions объект содержит опции, чтобы запустить bowtie2inspect функция, которая просматривает файлы индекса Bowtie 2.

Создание

Синтаксис

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions
inspectOptions = Bowtie2InspectOptions(Name,Value)
inspectOptions = Bowtie2InspectOptions(S)

Описание

пример

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions создает Bowtie2InspectOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

Bowtie2InspectOptions требуется интерфейс Bioinformatics Toolbox™ для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

Bowtie2InspectOptions поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

пример

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions(Name,Value) устанавливает свойства с помощью одной или нескольких пар "имя-значение". Заключайте каждое имя свойства в кавычки. Для образца, inspectOptions = Bowtie2InspectOptions('Summary',true) задает, чтобы возвращать сводные данные содержимого индекса вместо ссылочных последовательностей.

пример

inspectOptions = Bowtie2InspectOptions(S) задает необязательные параметры в векторе символов или строке S.

Входные параметры

расширить все

Параметры для просмотра файлов индекса, заданные как вектор символов. S должен находиться в синтаксисе опции Bowtie 2 (с префиксом одной или двух штрихов) [1].

Типы данных: char | string

Свойства

расширить все

Дополнительные опции, не включенные в свойства объекта, заданные как вектор символов. Вектор символов должен быть в синтаксисе опции Bowtie 2 (с префиксом одной или двух штрихов). Значение по умолчанию является пустым символьным вектором ''.

Пример: 'ExtraBowtie2Command','--version'

Типы данных: char | string

Логический индикатор для печати только имен ссылки последовательности в файле выхода, заданный как true или false.

Пример: 'NamesOnly',true

Типы данных: logical

Логический индикатор для печати сводной информации об именах и длинах ссылки последовательности вместо фактических последовательностей в файле выхода, заданный как true или false.

Пример: 'Summary',true

Типы данных: logical

Функции объекта

getBowtie2CommandПереведите свойства объекта в опции Bowtie 2
getBowtie2TableИзвлечение таблицы со свойствами объекта и эквивалентными опциями Bowtie 2
runСмотрите файлы индекса Bowtie 2

Примеры

свернуть все

Получите информацию о ссылочной последовательности, используемой для создания соответствующих файлов индекса, используя bowtie2inspect. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию файл выхода Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой для построения индекса.

Можно также получить сводную информацию о имени ссылки и длинах вместо фактической последовательности.

Создайте объект опции.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Установите Summary свойство к true.

inspectOpt.Summary = true;

Еще раз запустите функцию с помощью заданной опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary.fa',inspectOpt);

Если проверка индекса выполнена успешно, функция возвращается 0и теперь файл выхода содержит сводную информацию о последовательности ссылки.

Также можно передать синтаксическую строку Bowtie 2 вместо использования объекта опция.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary2.fa','-s');

Ссылки

[1] Langmead, B., and S. Salzberg. «Быстрое выравнивание чтения с перерывами с Bowtie 2». Природные методы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте