seqalignviewer

Визуализация и редактирование выравнивания нескольких последовательностей

Свернуть все на странице

Синтаксис

seqalignviewer
seqalignviewer(Alignment)
seqalignviewer(Alignment,Name,Value)

Описание

пример

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment, где можно отображать и интерактивно настраивать несколько выравнивания последовательности.

seqalignviewer(Alignment) загружает группу ранее умноженных выровненных последовательностей в приложение, где можно просмотреть и интерактивно настроить выравнивание.

seqalignviewer(Alignment,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

Совет

Если погрешности доступны после выбора блока из выровненных последовательностей, то существует три области, которые можно перетащить и переместить горизонтально:

  • Выбранный блок

  • Блок слева от выбора

  • Блок справа от выбора

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Загрузка и просмотр файла выравнивания нескольких последовательностей.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

Также можно щелкнуть Последовательная трасса (Sequence Alignment) на вкладке Приложения (Apps), чтобы открыть приложение и просмотреть данные выравнивания.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево из выровненных последовательностей из приложения. Выберите отображение > View Tree.

Входные параметры

свернуть все

Данные выравнивания нескольких последовательностей (MSA), заданные как:

  • MATLAB® структура, содержащая Sequence поле, такое как возвращенное fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • Символьный массив или вектор-столбец из строк, содержащих данные MSA, таких как возвращенные multialign

  • Вектор символов указание файла или URL-адреса, содержащего данные MSA

  • 3-by-N символьные массивы, показывающие парное выравнивание двух последовательностей, таких как возвращенные nwalign или swalign.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' определяет, что выровненные последовательности являются аминокислотными последовательностями.

Тип выровненных последовательностей, заданный как 'AA' для аминокислотных последовательностей или 'NT' для нуклеотидных последовательностей. Если вы не задаете тип, seqalignviewer пытается определить правильный тип. Если это невозможно, это по умолчанию 'AA'.

Пример: 'Alphabet','AA'

Список имен для маркировки последовательностей в окне выравнивания, заданный как массив структур MATLAB, содержащий Header или Name поле, массив ячеек из векторов символов или строковый вектор. Количество элементов в любом массиве должно совпадать с количеством последовательностей в данных выравнивания Alignment.

Пример: 'SeqHeaders',names

Вопросы совместимости

расширить все

Ошибки, начинающиеся в R2017b

См. также

| | | | | | | |

Темы

Введенный в R2012b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте