Удалите гены с низкими значениями экспрессии энтропии
Mask = geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData]
= geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData, FNames]
= geneentropyfilter(Data, Names)
geneentropyfilter(..., 'Percentile', PercentileValue)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует экспериментальным результатам для одного гена. Каждый столбец является результатами для всех генов из одного эксперимента. |
Names | Массив ячеек из символьных векторов или строковый вектор, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Свойство для определения процентиля, ниже которого удаляются данные генов. Введите значение из |
Mask = geneentropyfilter(Data)Data со значениями энтропии менее 10-го процентиля.
Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствующие строкам с отклонением, большей порога, имеют значение 1, и те, у кого отклонение меньше порога 0.
[ возвращает Mask, FData]
= geneentropyfilter(Data)FData, отфильтрованная матрица данных. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:)
[ возвращает Mask, FData, FNames]
= geneentropyfilter(Data, Names)FNames, отфильтрованный массив имен, где Names - массив ячеек из векторов символов или строкового вектора имен генов, соответствующих каждой строке Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask)
Примечание
Если Data является объектом DataMatrix с заданными именами строк, вам не нужно предоставлять второй вход Names для возврата третьего выхода FNames.
geneentropyfilter(..., 'Percentile', удаляет из PercentileValue)Data, экспериментальные данные, профили экспрессии генов со значениями энтропии менее PercentileValue, заданный процентиль.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных экспрессии генов, genes, массив ячеек GenBank® номера доступа для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataУдалите гены с низкими значениями экспрессии энтропии.
[fyeastvalues, fgenes] = geneentropyfilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Butte A.J. (2003), Microarray for a Integrative Genomics, Cambridge, MA: MIT Press.
exprprofrange | exprprofvar | genelowvalfilter | generangefilter | genevarfilter