Удалите профили генов с небольшими областями значений профилей
Mask = generangefilter(Data)
[Mask, FData]
= generangefilter(Data)
[Mask, FData, FNames]
= generangefilter(Data, Names)
generangefilter(..., 'Percentile', PercentileValue,
...)
generangefilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue,
...)
generangefilter(..., 'LogPercentile', LogPercentileValue,
...)
generangefilter(..., 'LogValue', LogValueValue,
...)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует экспериментальным результатам для одного гена. Каждый столбец является результатами для всех генов из одного эксперимента. |
Names | Массив ячеек из символьных векторов или строковый вектор, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Свойство для определения процентиля, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. Введите значение из |
AbsValueValue | Свойство для определения абсолютного значения, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. |
LogPercentileValue | Свойство для задания логарифма процентиля. |
LogValueValue | Свойство для задания логарифма абсолютного значения. |
Mask = generangefilter(Data)Dataобъект DataMatrix или матрица экспериментальных данных, а затем идентифицирует профили выражений с областями значений менее 10-го процентиля.
Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствующие строкам с областью значений, большей порога, имеют значение 1, и те, у кого область значений меньше порога 0.
[ возвращает Mask, FData]
= generangefilter(Data)FData, отфильтрованная матрица данных. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:)
[ возвращает Mask, FData, FNames]
= generangefilter(Data, Names)FNames, отфильтрованный массив имен, где Names - массив ячеек из векторов символов или строкового вектора имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask)
Примечание
Если Data является объектом DataMatrix с заданными именами строк, вам не нужно предоставлять второй вход Names для возврата третьего выхода FNames.
generangefilter (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)generangefilter с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
generangefilter(..., 'Percentile', удаляет из экспериментальных данных ( PercentileValue,
...)Data) профили экспрессии генов с областями значений менее заданного процентиля (PercentileValue).
generangefilter(..., 'AbsValue', удаляет из AbsValueValue,
...)Data профили экспрессии генов с областями значений менее AbsValueValue.
generangefilter(..., 'LogPercentile', фильтрует гены с областями значений профиля в самом низком проценте журнала области значений (LogPercentileValue,
...)LogPercentileValue).
generangefilter(..., 'LogValue', фильтрует гены с журналом профиля областей значений ниже LogValueValue,
...)LogValueValue.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных экспрессии генов, genes, массив ячеек GenBank® номера доступа для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataУдалите профили генов с небольшими областями значений профилей.
[mask, fyeastvalues, fgenes] = generangefilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Butte A.J. (2003), Microarray for a Integrative Genomics, Cambridge, MA: MIT Press.
exprprofrange | exprprofvar | geneentropyfilter | genelowvalfilter | genevarfilter