Фильтруйте гены с небольшим отклонением профиля
Mask = genevarfilter(Data)
[Mask, FData]
= genevarfilter(Data)
[Mask, FData, FNames]
= genevarfilter(Data, Names)
genevarfilter(..., 'Percentile', PercentileValue,
...)
genevarfilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue,
...)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует гену. Если матрица, первый столбец является именами генов, и каждый дополнительный столбец является результатами эксперимента. |
Names | Массив ячеек из символьных векторов или строковый вектор, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Задает процентиль, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. Варианты являются целыми числами от |
AbsValueValue | Свойство для определения абсолютного значения, ниже которого удаляются профили экспрессии генов. |
Эксперименты по профилированию генов обычно включают гены, которые показывают небольшие изменения в своем профиле и обычно не представляют интереса. Эти гены обычно удаляются из данных.
Mask = genevarfilter(Data)Data и возвращает Mask, который идентифицирует профили экспрессии генов с отклонением, меньшей, чем 10-й процентиль. Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствующие строкам с отклонением, большей порога, имеют значение 1, и те, у кого отклонение меньше порога 0.
[ вычисляет отклонение для каждого профиля экспрессии генов в Mask, FData]
= genevarfilter(Data)Data и возвращает FData, фильтрованную матрицу данных, в которой удаляются профили экспрессии генов с низкой вариацией. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:)
[ возвращает Mask, FData, FNames]
= genevarfilter(Data, Names)FNames, фильтрованный массив имен, в котором имена, связанные с профилями экспрессии генов с низкой вариацией, удаляются. Names - массив ячеек из векторов символов или строкового вектора имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask)
Примечание
Если Data является объектом DataMatrix с заданными именами строк, вам не нужно предоставлять второй вход Names для возврата третьего выхода FNames.
genevarfilter (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)genevarfilter с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
genevarfilter(..., 'Percentile', удаляет из PercentileValue,
...)Data, экспериментальные данные, профили экспрессии генов с отклонением, меньшей, чем процентиль, заданный как PercentileValue. Варианты являются целыми числами от 0 на 100. По умолчанию это 10.
genevarfilter(..., 'AbsValue', удаляет из AbsValueValue,
...)Data , экспериментальные данные, профили экспрессии генов с отклонением менее AbsValueValue.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных экспрессии генов, genes, массив ячеек GenBank® номера доступа для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataФильтруйте гены с небольшим отклонением профиля.
[fyeastvalues, fgenes] = genevarfilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Butte A.J. (2003), Microarray for a Integrative Genomics, Cambridge, MA: MIT Press.
exprprofrange | exprprofvar | geneentropyfilter | genelowvalfilter | generangefilter