Матрица оценки Возвращаемого Гоннета
gonnet
gonnet возвращает матрицу Гоннета.
Матрица Гоннета является рекомендуемой матрицей мутаций для первоначального выравнивания белковых последовательностей. Элементы матрицы в десять раз больше логарифмики вероятности того, что остатки выровнены, разделены на вероятность того, что остатки выровнены случайно, и затем матричные элементы нормированы к 250 модулям PAM.
Ожидаемый счет = -0.6152, Энтропия = 1.6845 биты, самый низкий счет = -8, Наивысший счет = 14.2
Порядок:
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
[1] Gaston, H., Gonnet, M., Cohen, A. and Benner, S. (1992). Полное соответствие всей базы данных белковых последовательностей. Наука. 256, 1443–1445.