Матрица оценки принятой мутации (PAM) точки возврата
ScoringMatrix =
pam(N)
[ScoringMatrix, MatrixInfo]
= pam(N)
... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue,
...)
... = pam(N, ...'Order', OrderValue,
...)
N | Целое число, задающее возвращаемую матрицу оценки PAM. Варианты Совет Ввод большего значения для |
ExtendedValue | Управляет возвратом неоднозначных символов ( |
OrderValue | Вектор символов или строка, которая управляет порядком аминокислот в матрице скоринга. Варианты являются вектором символов или строкой с, по крайней мере, |
ScoringMatrix =
pam(N)N матрица оценки для аминокислотных последовательностей.
[ возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Поля в структуре ScoringMatrix, MatrixInfo]
= pam(N)Name, Scale, Entropy, Expected, и Order.
... = pam вызывает (N... 'PropertyName', PropertyValue, ...)pam с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = pam( управляет возвратом неоднозначных символов (N, ...'Extended', ExtendedValue,
...)B, Z, и X), и символ стопа (*), в дополнение к 20 стандартные аминокислотные символы. Варианты true или false (по умолчанию).
... = pam( управляет порядком аминокислот в возвращенной скоринговой матрице. Варианты являются вектором символов или строкой с, по крайней мере, N, ...'Order', OrderValue,
...)20 стандартные аминокислоты. По умолчанию упорядоченное расположение выхода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит расширенных символов B, Z, X, и *затем эти символы не возвращаются.
PAM50 матрицу замещения в 1/2 битовые модули, Ожидаемый счет = -3.70, Энтропия = 2.00 биты, самый низкий счет = -13, Наивысший счет = 13.
PAM250 матрицу замещения в 1/3 битовые модули, Ожидаемый счет = -0.844, Энтропия = 0.354 биты, самый низкий счет = -8, Наивысший счет = 17.
Верните матрицу PAM50.
PAM50 = pam(50)
Верните матрицу PAM250 и задайте порядок аминокислот в матрице.
PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')