pam

Матрица оценки принятой мутации (PAM) точки возврата

Синтаксис

ScoringMatrix = pam(N)
[ScoringMatrix, MatrixInfo] = pam(N)
... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue, ...)
... = pam(N, ...'Order', OrderValue, ...)

Аргументы

N

Целое число, задающее возвращаемую матрицу оценки PAM. Варианты 10:10:500.

Совет

Ввод большего значения для N позволяет проводить выравнивания последовательности с большими эволюционными расстояниями.

ExtendedValue

Управляет возвратом неоднозначных символов (B, Z, и X), и символ стопа (*), в дополнение к 20 стандартные аминокислотные символы. Варианты true или false (по умолчанию).

OrderValue

Вектор символов или строка, которая управляет порядком аминокислот в матрице скоринга. Варианты являются вектором символов или строкой с, по крайней мере, 20 стандартные аминокислоты. Порядок по умолчанию выхода следующий A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит символов B, Z, X, и *затем эти символы не возвращаются.

Описание

ScoringMatrix = pam(N) возвращает PAM N матрица оценки для аминокислотных последовательностей.

[ScoringMatrix, MatrixInfo] = pam(N) возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Поля в структуре Name, Scale, Entropy, Expected, и Order.

... = pam (N... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает pam с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue, ...) управляет возвратом неоднозначных символов (B, Z, и X), и символ стопа (*), в дополнение к 20 стандартные аминокислотные символы. Варианты true или false (по умолчанию).

... = pam(N, ...'Order', OrderValue, ...) управляет порядком аминокислот в возвращенной скоринговой матрице. Варианты являются вектором символов или строкой с, по крайней мере, 20 стандартные аминокислоты. По умолчанию упорядоченное расположение выхода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит расширенных символов B, Z, X, и *затем эти символы не возвращаются.

PAM50 матрицу замещения в 1/2 битовые модули, Ожидаемый счет = -3.70, Энтропия = 2.00 биты, самый низкий счет = -13, Наивысший счет = 13.

PAM250 матрицу замещения в 1/3 битовые модули, Ожидаемый счет = -0.844, Энтропия = 0.354 биты, самый низкий счет = -8, Наивысший счет = 17.

Примеры

Верните матрицу PAM50.

PAM50 = pam(50)

Верните матрицу PAM250 и задайте порядок аминокислот в матрице.

PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')

См. также

| | | | | |

Представлено до R2006a