Верните локальные оптимальные и неоптимальные выравнивания между двумя последовательностями
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'NumAln', NumAlnValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'MinScore', MinScoreValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Percent', PercentValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'DoAlignment', DoAlignmentValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue,
...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Scale', ScaleValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2)
AlignStruct = localign (Seq1, Seq2... 'PropertyName', PropertyValue, ...)localalign с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключайте каждую PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'NumAln', NumAlnValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'MinScore', MinScoreValue, ...)MinScoreValue.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Percent', PercentValue, ...)PercentValue процент от наивысшего счета. Это возвращает выравнивания в порядке уменьшения согласно их счету.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'DoAlignment', DoAlignmentValue, ...)Alignment поле структуры output. Варианты true (по умолчанию) или false.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)'AA' (по умолчанию) или 'NT'.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue,
...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Scale', ScaleValue, ...)1, который не изменяет модулей выхода счета.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)8.
|
Первая аминокислота или нуклеотидная последовательность, заданная любым из следующих:
Совет Для помощи с буквенными и целочисленными представлениями аминокислот и нуклеотидов, смотрите Amino Acid Lookup или Nucleotide Lookup. |
|
Вторая аминокислота или нуклеотидная последовательность, которая |
|
Положительная скалярная величина (< или = Примечание Если вы задаете Совет Использование По умолчанию: |
|
Положительная скалярная величина, задающий минимальный счет локальных, непересекающихся выравниваний (оптимальных и неоптимальных) для возвращения. Примечание Если вы задаете Совет Использование |
|
Положительная скалярная величина между Примечание Если вы задаете Совет Использование |
|
Управляет включением парных выравниваний в |
|
Вектор символов или строка, задающая тип последовательностей. Варианты |
|
Одно из следующих:
Примечание Если вам нужно скомпилироваться |
|
Положительное значение, которое задает масштабный коэффициент, который применяется к итоговым баллам, таким образом управляя единицами измерения выходных баллов. Например, если выходной счет первоначально определен в битах, и вы вводите По умолчанию это Примечание Если на Совет Перед сравнением счетов выравнивания из нескольких трасс убедитесь, что счета указаны в одних и тех же модулях. Используйте |
|
Положительное значение, определяющее штраф за открытие зазора в выравнивании. По умолчанию: |
|
Структура MATLAB или массив структур, содержащий информацию о локальных оптимальных и неоптимальных выравниваниях между двумя последовательностями. Каждая структура представляет оптимальное или неоптимальное выравнивание и содержит следующие поля.
|
Ограничьте количество выравниваний, возвращаемых между двумя последовательностями, путем определения количества выравниваний:
% Create variables containing two amino acid sequences.
Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA';
Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG';
% Use the NumAln property to return information about the
% top three local alignments.
struct1 = localalign(Seq1, Seq2, 'numaln', 3)
struct1 =
Score: [3x1 double]
Start: [3x2 double]
Stop: [3x2 double]
Alignment: {3x1 cell}
% View the scores of the first and second alignments.
struct1.Score(1:2)
ans =
11.0000
9.6667
% View the first alignment.
struct1.Alignment{1}
ans =
VSPAG
|||||
VSPAGОграничьте количество выравниваний, которые будут возвращаться между двумя последовательностями, задав минимальный счет:
% Create variables containing two amino acid sequences.
Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA';
Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG';
% Use the MinScore property to return information about
% only local alignments with a score greater than 8.
% Use the DoAlignment property to exclude the actual alignments.
struct2 = localalign(Seq1,Seq2,'minscore',8,'doalignment',false)
struct2 =
Score: [2x1 double]
Start: [2x2 double]
Stop: [2x2 double]Ограничьте количество выравниваний, которые будут возвращаться между двумя последовательностями, задав процент от максимального счета:
% Create variables containing two amino acid sequences.
Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA';
Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG';
% Use the Percent property to return information about only
% local alignments with a score within 15% of the maximum score.
struct3 = localalign(Seq1, Seq2, 'percent', 15)
struct3 =
Score: [2x1 double]
Start: [2x2 double]
Stop: [2x2 double]
Alignment: {2x1 cell}
Задайте матрицу скоринга и штраф открытия промежутка при выравнивании двух последовательностей:
% Create variables containing two nucleotide sequences.
Seq1 = 'CCAATCTACTACTGCTTGCAGTAC';
Seq2 = 'AGTCCGAGGGCTACTCTACTGAAC';
% Create a scoring matrix with a match score of 10 and a mismatch
% score of -9
sm = [10 -9 -9 -9;
-9 10 -9 -9;
-9 -9 10 -9;
-9 -9 -9 10];
% Use the ScoringMatrix and GapOpen properties when returning
% information about the top three local alignments.
struct4 = localalign(Seq1, Seq2, 'alpha', 'nt', ...
'scoringmatrix', sm, 'gapopen', 20, 'numaln', 3)
struct4 =
Score: [3x1 double]
Start: [3x2 double]
Stop: [3x2 double]
Alignment: {3x1 cell} [1] Бартон, Г. (1993). Эффективный алгоритм для определения местоположения всех локально оптимальных выравниваний между двумя последовательностями, допускающих погрешности. КАБИОС 9, 729-734.
blosum | dayhoff | fastaread | gethmmalignment | gonnet | localalign | multialign | multialignread | nuc44 | nwalign | pam | seqalignviewer | swalign