Exponenta Banner

getData

Класс: GTFAnotation

Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GTFAnnotation объект

Синтаксис

AnnotStruct = getData(AnnotObj)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)

Описание

AnnotStruct = getData(AnnotObj) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащий данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в возврат структурах совпадают с полями в FieldNames свойство AnnotObj.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает AnnotStructмассив структур, содержащий данные из подмножества элементов в AnnotObj который входит в каждую область значений эталонной последовательности, заданный как StartPos и EndPos.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащий подмножество данных из AnnotObj определяется Subset, вектор из целых чисел.

AnnotStruct = getData(___,Name,Value) возвращает AnnotStruct, массив структур, с использованием любого из входных параметров из предыдущих синтаксисов и дополнительных опций, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

Входные параметры

AnnotObj

Объект GTFAnnotation класс.

StartPos

Неотрицательное целое число, задающее начало области значений в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целое число StartPos должно быть меньше или равно EndPos.

EndPos

Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой эталонной последовательности в AnnotObj. Целое число EndPos должно быть больше или равно StartPos.

Subset

Вектор положительных целых чисел равен или меньше, чем количество записей в объекте. Используйте векторную Subset для извлечения любого элемента или подмножества данных из объекта.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

'Reference'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих одну или несколько ссылочных последовательностей в AnnotObj. Только аннотации, область ссылки которых соответствует одному из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

'Feature'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих одни или несколько функций в AnnotObj. Только аннотации, область функции которых соответствует одному из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

'Gene'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько генов в AnnotObj. Только аннотации, генная область которых соответствует одному из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

'Transcript'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько транскриптов в AnnotObj. Только аннотации, область расшифровки стенограммы которых соответствует одному из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

'Overlap'

Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в области значений, включаемых в AnnotStruct. Это значение может быть любым из следующих:

  • Положительное целое число

  • 'full' - Аннотация должна быть полностью включена в область значений.

  • 'start' - Начальное положение аннотации должно находиться в области значений, который будет включен.

По умолчанию: 1

Выходные аргументы

AnnotStruct

Массив структур, содержащих данные из элементов в AnnotObj. Поля в возврат структурах совпадают с полями в FieldNames свойство AnnotObj, и заданный как GTF2.2: A Gene Annotation Format. В частности, эти поля являются:

  • Reference

  • Start

  • Stop

  • Feature

  • Gene

  • Transcript

  • Source

  • Score

  • Strand

  • Frame

  • Attributes

Примеры

Пример 20. Получение подмножеств данных из объекта GTFAnotation

Создайте a GTFAnnotation объект с использованием GTF-форматированного файла, который обеспечивается с Bioinformatics Toolbox™.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките данные аннотации для позиций с 668 000 по 680 000 из последовательности ссылки.

AnnotStruct1 = getData(GTFAnnotObj,668000,680000)

AnnotStruct1 = 

18x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Gene
    Transcript
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Извлеките первые пять аннотаций из объекта.

AnnotStruct2 = getData(GTFAnnotObj,[1:5])

AnnotStruct2 = 

5x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Gene
    Transcript
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Совет

Используя getdata создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным аннотации, чем объект.

  • Вы можете получить доступ ко всем значениям полей в структуре.

  • Можно не только извлечь значения полей, но и присвоить и удалить значения.

  • Для доступа к значениям полей определенных аннотаций можно использовать линейную индексацию. Например, вы можете получить доступ к начальному значению только пятой аннотации.

См. также

| | | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка