Exponenta Banner

getIndex

Класс: GTFAnotation

Возвращает массив индексов аннотаций из GTFAnnotation объект

Синтаксис

Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)

Описание

Idx = getIndex(AnnotObj) возвращает массив индексов Idxмассив целых чисел, содержащий индекс каждой аннотации в AnnotObj.

Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает массив индексов Idx для подмножества элементов, которое входит в каждую область значений ссылочной последовательности, заданный как StartPos и EndPos.

Idx = getIndex(___,Name,Value) возвращает массив индексов Idx, использование любого из входных параметров из предыдущих синтаксисов и дополнительные опции, заданные одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

Входные параметры

AnnotObj

Объект GTFAnnotation класс.

StartPos

Неотрицательное целое число, задающее начало области значений в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целое число StartPos должно быть меньше или равно EndPos.

EndPos

Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой эталонной последовательности в AnnotObj. Целое число EndPos должно быть больше или равно StartPos.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

'Reference'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих одну или несколько ссылочных последовательностей в AnnotObj. В Idx включены только индексы аннотаций, ссылочное поле которых соответствует одной из заданных ссылок.

'Feature'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих одни или несколько функций в AnnotObj. Только индексы аннотаций, область функции которых соответствует одной из указанных функций, включены в Idx.

'Gene'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько генов в AnnotObj. Только аннотации, генная область которых соответствует одному из указанных генов, включены в AnnotStruct.

'Transcript'

Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько транскриптов в AnnotObj. Только аннотации, область расшифровки стенограммы которых соответствует одной из указанных расшифровок стенограммы, включены в AnnotStruct.

'Overlap'

Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в области значений, чтобы ее индекс был включен в Idx. Это значение может быть любым из следующих:

  • Положительное целое число

  • 'full' - Аннотация должна быть полностью включена в область значений.

  • 'start' - Начальное положение аннотации должно находиться в области значений, который будет включен.

По умолчанию: 1

Выходные аргументы

Idx

Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в AnnotObj.

Примеры

Пример 26. Получение индексов аннотаций из объекта GTFAnotation

Создайте a GTFAnnotation объект с использованием GTF-форматированного файла, который обеспечивается с Bioinformatics Toolbox™.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките индексы аннотаций для позиций с 210.000 по 220 000 из ссылочной последовательности.

Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000)

Idx =

     7
    15
    16
    17
    36
    47
    48
    49
    69
    70
    71
    89
    99
   111
   112
   113

См. также

| | | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка