Класс: GTFAnotation
Возвращает массив индексов аннотаций из GTFAnnotation объект
Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)
Idx = getIndex(AnnotObj)Idxмассив целых чисел, содержащий индекс каждой аннотации в AnnotObj.
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)Idx для подмножества элементов, которое входит в каждую область значений ссылочной последовательности, заданный как StartPos и EndPos.
Idx = getIndex(___,Name,Value)Idx, использование любого из входных параметров из предыдущих синтаксисов и дополнительные опции, заданные одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее начало области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой эталонной последовательности в |
Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.
|
Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих одни или несколько функций в |
|
Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько генов в |
|
Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько транскриптов в |
|
Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в области значений, чтобы ее индекс был включен в
По умолчанию: |
|
Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в |
Создайте a GTFAnnotation объект с использованием GTF-форматированного файла, который обеспечивается с Bioinformatics Toolbox™.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Извлеките индексы аннотаций для позиций с 210.000 по 220 000 из ссылочной последовательности.
Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000)
Idx =
7
15
16
17
36
47
48
49
69
70
71
89
99
111
112
113getData (GTFAnnotation) | getFeatureNames (GTFAnnotation) | getGeneNames (GTFAnnotation) | getGenes (GTFAnnotation) | getIndex (GTFAnnotation) | getRange (GTFAnnotation) | getReferenceNames (GTFAnnotation) | getSegments (GTFAnnotation) | getSubset (GTFAnnotation) | getTranscripts (GTFAnnotation) | GFFAnnotation | GTFAnnotation