Класс: GTFAnotation
Извлечение области значений аннотаций из GTFAnnotation объект
Range = getRange(AnnotObj)
Range = getRange(AnnotObj)Rangeчисловой массив 1 на 2, задающий минимальное и максимальное положения в ссылочной последовательности, охватываемой аннотациями в AnnotObj.
|
Объект |
|
Числовой массив 1 на 2, задающий минимальное и максимальное положения в ссылочной последовательности, охватываемой аннотациями в |
Создайте a GTFAnnotation объект из GTF-форматированного файла, который обеспечивается с Bioinformatics Toolbox™, и затем возвращает область значений аннотаций функций:
% Construct a GTFAnnotation object from a GTF file
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
% Return first and last positions of reference associated with feature annotations
range = getRange(GTFAnnotObj)
range =
41609 1371382Используйте getSubset метод с Reference Пара "имя-значение", чтобы вернуть GFFAnnotation объект, содержащий только одну ссылочную последовательность. Затем используйте этот подмножество объекта как вход в getRange способ.
getData (GTFAnnotation) | getFeatureNames (GTFAnnotation) | getGeneNames (GTFAnnotation) | getGenes (GTFAnnotation) | getIndex (GTFAnnotation) | getRange (GTFAnnotation) | getReferenceNames (GTFAnnotation) | getSegments (GTFAnnotation) | getSubset (GTFAnnotation) | getTranscripts (GTFAnnotation) | GFFAnnotation | GTFAnnotation