msheatmap

Создайте псевдоколорное изображение набора масс спектров

Синтаксис

msheatmap(MZ, Intensities) msheatmap(MZ, Times, Intensities) msheatmap(..., 'Midpoint', MidpointValue, ...) msheatmap(..., 'Range', RangeValue, ...) msheatmap(..., 'Markers', MarkersValue, ...) msheatmap(..., 'SpecIdx', SpecIdxValue, ...) msheatmap(..., 'Group', GroupValue, ...) msheatmap(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...)

Аргументы

`MZ`	Вектор-столбец значений общей массы/заряда (m/z) для набора спектров. Количество элементов в векторе равняется количеству строк в матрице `Intensities`. Примечание Вы можете использовать `msppresample` функция для создания `MZ` вектор.
`Times`	Вектор-столбец времени удерживания, связанная с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS). Количество элементов в векторе равняется количеству столбцов в матрице `Intensities`. Время хранения используется для маркировки `y`-ось тепловой карты. Совет Вы можете использовать `mzxml2peaks` функция для создания `Times` вектор.
`Intensities`	Матрица значений интенсивности для множества массовых спектров, которые имеют одинаковые области значений m/z. Каждая строка соответствует значению m/z, и каждый столбец соответствует спектру или времени удержания. Количество строк равняется количеству элементов в векторе `MZ`. Количество столбцов равняется количеству элементов в векторе `Times`. Примечание Вы можете использовать `msppresample` функция для создания `Intensities` матрица.
`MidpointValue`	Значение, задающее количество значений интенсивности ионов, чтобы опуститься ниже середины палитры, что означает, что они не представляют peaks. `msheatmap` использует пользовательскую палитру, где холодные цвета представляют непиковые области, белые - среднюю точку, а теплые - peaks. Варианты являются любым значением `≥ 0` и `≤ 1`. По умолчанию это: `0.99` - Для данных LC/MS или GC/MS или при входе `T` предоставляется. Это означает, что 1% пикселей являются теплыми цветами и представляют peaks. `0.95` - Для данных без LC/MS или без GC/MS или при входе `T` не предусмотрен. Это означает, что 5% пикселей являются теплыми цветами и представляют peaks. Совет Можно также изменить среднюю точку в интерактивном режиме после создания тепловой карты, щелкнув правой кнопкой мыши по цветовой панели, выбрав Interactive Colormap Shift, а затем щелкнув курсор вертикально на цветовой панели. Этот метод полезен при сравнении нескольких тепловых карт.
`RangeValue`	Вектор 1 на 2, задающая область значений m/z для `x`-ось тепловой карты. `RangeValue` должен находиться в пределах `[мин (MZ) max (MZ)`]. По умолчанию это полная область значений `[min (MZ) max (MZ)]`.
`MarkersValue`	Вектор значений m/z, чтобы отметить на верхней горизонтальной оси тепловой карты. По умолчанию это `[]`.
`SpecIdxValue`	Одно из следующих: Вектор значений с таким же количеством элементов, как и столбцы (спектры) в матрице `Intensities`. Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора с таким же количеством элементов, как и столбцы (спектры) в матрице `Intensities`. Каждое значение или вектор символов или строка задает метку для соответствующего спектра. Эти значения или векторы символов или строки используются для маркировки `y`-ось тепловой карты. Примечание Если входной параметр `Times` обеспечивается, принято, что `Intensities` содержит данные LC/MS или GC/MS, и `SpecIdxValue` игнорируется.
`GroupValue`	Одно из следующих: Вектор значений с таким же количеством элементов, как и строки в матрице `Intensities` Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора с таким же количеством элементов, как и строки (спектры) в матрице `Intensities` Каждое значение, вектор символов или строка задает группу, к которой принадлежит соответствующий спектр. Спектры сортируются и объединяются в группы по `y`-ось в тепловой карте. Примечание Если входной параметр `Times` обеспечивается, принято, что `Intensities` содержит данные LC/MS или GC/MS, и `GroupValue` игнорируется.
`ResolutionValue`	Значение, задающее горизонтальное разрешение изображения тепловой карты. Увеличьте это значение для улучшения деталей. Уменьшите это значение, чтобы уменьшить использование памяти. По умолчанию это: `0.5` - Когда `MZ` содержит > 2500 элементов. `0.05` - Когда `MZ` содержит < = 2500 элементов.

Описание

msheatmap(MZ, Intensities) отображает псевдоколорное изображение тепловой карты интенсивности для спектров в матрице Intensities.

msheatmap(MZ, Times, Intensities) отображает псевдоколорное изображение тепловой карты интенсивности для спектров в матрице Intensities, используя время хранения в векторных Times чтобы пометить y-ось.

msheatmap (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает msheatmap с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

msheatmap(..., 'Midpoint', MidpointValue, ...) задает величину значений интенсивности ионов, которая будет опускаться ниже середины палитры, что означает, что они не представляют peaks. msheatmap использует пользовательскую палитру, где холодные цвета представляют непиковые области, белые - среднюю точку, а теплые - peaks. Выбор является любым значением между 0 и 1. По умолчанию это:

0.99 - Для данных LC/MS или GC/MS или при входе T предоставляется. Это означает, что 1% пикселей являются теплыми цветами и представляют peaks.
0.95 - Для данных без LC/MS или без GC/MS или при входе T не предусмотрен. Это означает, что 5% пикселей являются теплыми цветами и представляют peaks.

Совет

Можно также изменить среднюю точку в интерактивном режиме после создания тепловой карты, щелкнув правой кнопкой мыши по цветовой панели, выбрав Interactive Colormap Shift, а затем щелкнув курсор вертикально на цветовой панели. Этот метод полезен при сравнении нескольких тепловых карт.

msheatmap(..., 'Range', RangeValue, ...) задает область значений m/z для x-ось тепловой карты. RangeValue вектор 1 на 2, который должен быть в пределах [мин (MZ) max (MZ)]. По умолчанию это полная область значений [min (MZ) max (MZ)].

msheatmap(..., 'Markers', MarkersValue, ...) помещает маркеры вдоль верхней горизонтальной оси тепловой карты для значений m/z, заданных в векторе MarkersValue. По умолчанию это [].

msheatmap(..., 'SpecIdx', SpecIdxValue, ...) помечает спектры вдоль y-ось в тепловой карте. Метки заданы как SpecIdxValue, вектор значений, массив ячеек из векторов символов или строковый вектор. Количество значений или векторов символов или строк совпадает с количеством столбцов (спектров) в матрице Intensities. Каждое значение или вектор символов или строка задает метку для соответствующего спектра.

msheatmap(..., 'Group', GroupValue, ...) сортирует и объединяет спектры в группы по y-ось в тепловой карте. Группы заданы как GroupValue, вектор значений, массив ячеек из векторов символов или строковый вектор. Количество значений, векторов символов или строк совпадает с количеством строк в матрице Intensities. Каждое значение или вектор символов или строка задает группу, к которой принадлежит соответствующий спектр. По умолчанию это [1:numSpectra].

msheatmap(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...) задает горизонтальное разрешение изображения тепловой карты. Увеличьте это значение для улучшения деталей. Уменьшите это значение, чтобы уменьшить использование памяти. По умолчанию это:

0,5 - Когда MZ содержит > 2500 элементов.
0.05 - Когда MZ содержит < = 2500 элементов.

Примеры

Пример 46. Данные SELDI-TOF

Загрузка выборочных данных SELDI-TOF.
```
load sample_lo_res
```
Создайте вектор с четырьмя значениями m/z, чтобы отметить вдоль верхней горизонтальной оси тепловой карты.
```
M = [3991.4 4598 7964 9160];
```
Отобразите тепловую карту с маркерами m/z и ограниченной областью значений m/z.
```
msheatmap(MZ_lo_res,Y_lo_res,'markers',M,'range',[3000 10000])
```
Отобразите тепловую карту снова, группируя каждый спектр в одну из двух групп.
```
TwoGroups = [1 1 2 2 1 1 2 2];
msheatmap(MZ_lo_res,Y_lo_res,'markers',M,'group',TwoGroups)
```

Пример 47. Данные жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS)

Загрузка выборочных данных LC/MS.
```
load lcmsdata
```
Повторно отобразите списки пиков, чтобы создать вектор из значений m/z и матрицы значений интенсивности.
```
[MZ, Intensities] = msppresample(ms_peaks, 5000);
```
Отобразите тепловую карту, показывающую массовые спектры в разное время удержания.
```
msheatmap(MZ, ret_time, log(Intensities))
```

См. также

Темы

Представлено до R2006a

Документация